（九）西南水運出海大通道工程
1999年以來，廣西著重建設西南水運出海大通道工程，通道包括：西南水運出海北通道都柳江、融江、柳江、黔江；西南水運出海中線通道南盤江、紅水河；西南水運出海南通道剝隘河、右江及郁江上段）及左江、桂江、沙坪河、賀江。
以西江擴能和右江梯級渠化工程為重點的內河水運建設項目總投資80.28 億元，新建長洲、那吉、魚梁、金雞、老口五個集水電、航運功能于一體的航運梯級，渠化和改善航道里程500公里。經過多年的航道整治和疏浚建設，西江航運干線南寧至梧州航段570公里，可常年通航1000噸級船舶（貴港至梧州290.5公里即將可通航2000噸級船舶）；紅水河（蔗香-石龍三江口）大化、百龍灘、橋鞏等水電站過船設施工程全面建成，實現了紅水河龍灘以下航道復航的目標；內河航道通航條件明顯改善，右江百色水利樞紐建成后，渠化剝隘河干流107公里和7條支流共300多公里，形成深水航道至云南富寧市地區， 2005年建成的柳江紅花水利樞紐，渠化柳江近百公里航道。內河港口吞吐能力明顯增強，建成了梧州、貴港、南寧、柳州、桂林、來賓等一批主要內河港口，至2008年底，全區內河港口擁有生產性泊位398個，通過能力4355萬噸，主要內河港口實際完成貨物吞吐量4676萬噸、旅客吞吐量698.6萬人次。
（十）北部灣港口整合工程
1999年以來廣西積極建設沿海水運基礎設施，努力打造我國西南地區對外開放的窗口和最便捷的出海通道。為抓住西部加快發展以及中國—東盟自由貿易區的構建等戰略機遇，乘著廣西北部灣經濟區開放開發的東風，加強水運基礎設施建設，實施了北部灣沿海港口整合工程。
至2008年底，廣西沿海港口生產性泊位205個，其中萬噸級以上泊位達40個，進港航道共120.13公里，沿海港口綜合通過能力9206萬噸，其中集裝箱通過能力55萬標準箱，旅客通過能力491萬人。較1999年港口新增能力7631萬噸，萬噸級以上泊位增加22個。沿海貨物吞吐量完成8089.63萬噸，為1999年的5.3倍。2009年廣西防城港、欽州港、北海港三港整合為廣西北部灣港，港口生產呈現穩定回升的良好態勢，上半年完成港口貨物吞吐量4185萬噸，各項基建項目也在全力推進，預計全年新增萬噸級以上泊位6個，新增集裝箱吞吐能力75萬標準箱，港口吞吐能力將超過1億噸，為西南地區與珠三角乃至世界各地的物資交流提供強有力的水路運輸保障
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