大亞灣生態監控區 生態系統處于亞健康狀態。春季，水質狀況良好；夏季，15%水域無機氮含量超第二類海水水質標準，90%水域活性磷酸鹽含量超第一類海水水質標準。全部生物殘毒檢測樣品中鉛含量偏高，部分生物體內鎘、砷和石油烴含量偏高。生物群落結構異常，生物多樣性和均勻度較差，浮游植物密度高于正常波動范圍，浮游動物和底棲生物密度低于正常波動范圍，夏季，浮游植物的平均密度為17 805×104個細胞/立方米，浮游動物和底棲生物的平均密度分別為 5 661個/立方米和43個/平方米，多樣性指數分別為0.97、3.86和2.02。
連續五年的監測結果表明，大亞灣生態系統基本保持穩定，水質狀況基本保持良好。部分生物體內鉛和鎘的含量始終偏高，砷和石油烴含量呈增加趨勢。受“熱污染”和港口建設等海岸帶開發活動影響，生物群落結構發生改變，浮游植物數量增加，浮游動物和底棲生物數量減少，浮游植物和底棲生物多樣性指數呈下降趨勢，分別由2004年夏季的3.11和3.19降為2008年的0.97和2.02，漁業資源衰退。大亞灣生態系統存在的主要生態問題為生境改變、生物群落結構異常和環境污染。主要影響因素是圍填海、“熱污染”和陸源排污。
珠江口生態監控區 生態系統處于不健康狀態。水體呈嚴重富營養化狀態，氮磷比失衡，90%以上水域無機氮含量超第四類海水水質標準，春季，40%水域活性磷酸鹽含量超第三類海水水質標準。部分生物體內鉛、鎘、砷、汞和石油烴含量偏高，尤其是100%的生物殘毒檢測樣品中鉛含量偏高。棲息地變化較大。生物群落結構狀況較差，浮游植物密度春夏季變化不大，生物多樣性較差、均勻度一般，夏季生物多樣性指數變化范圍為0.25～3.10，平均為1.41，均勻度變化范圍為0.06～0.89，平均為0.44。浮游動物密度低于正常波動范圍，底棲生物密度高于正常波動范圍。魚卵、仔魚數量有所增加。
2004~2008年珠江口春夏季浮游植物平均密度（×104個細胞/立方米）
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季節
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2004年
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2005年
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2006年
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2007年
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2008年
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春季
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26.7
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0.7
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2 510.6
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11 562.4
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333.7
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夏季
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2 262.9
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19.8
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3 158.0
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5 388.7
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595.8
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連續五年的監測結果表明，珠江口生態系統基本保持穩定，始終處于嚴重的富營養化和氮磷比失衡狀態，豐水期無機氮平均含量均超第四類海水水質標準。生物體內鉛含量始終普遍偏高，石油烴和汞含量呈增加趨勢。浮游植物平均密度春夏季的季節變化幅度趨于縮小，浮游植物群落結構趨向簡單化；浮游動物數量下降，底棲生物數量近兩年呈增加趨勢，魚卵、仔魚數量也呈增加趨勢。珠江口生態系統存在的主要生態問題為富營養化、環境污染、生物群落結構異常和生境改變。主要影響 因素是陸源排污、圍填海和資源過度開發。
雷州半島西南沿岸生態監控區 生態系統總體處于亞健康狀態。監控區內40%的水域石油類含量超第二類海水水質標準，懸浮物濃度較高、透明度低，區內三分之一區域沉積物有機碳含量超第一類海洋沉積物質量標準，底棲生物的種類數量、棲息密度及生物量呈逐年遞減趨勢，2006年以來魚卵、仔魚的數量顯著下降。
徐聞燈樓角至水尾角沿岸的珊瑚礁監測結果顯示，該區有65種珊瑚蟲綱動物分布，其中柳珊瑚和造礁珊瑚種類多樣性豐富，分別為23種和35種。放坡和水尾角兩個監測區域的活珊瑚蓋度均為15.5%，珊瑚礁死亡率分別為18.3%和7.6%，放坡極個別珊瑚出現白化現象。
2004年以來連續監測結果表明，水尾角活珊瑚平均覆蓋度呈顯著下降趨勢，珊瑚礁已經出現了嚴重的退化現象，適應低光照環境的角孔珊瑚和軟珊瑚數量明顯增加，活珊瑚群落結構發生變化。網箱養殖、底播增殖等海水養殖規模的迅速擴大，填海造地及海洋工程建設等沿岸開發活動導致的海水中懸浮物含量增加、珊瑚表面沉積物沉降速率增加、水體透明度降低、石油類污染是造成水尾角造礁珊瑚退化及群落結構變化的主要原因。
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