監測結果表明，多數珊瑚礁、紅樹林和海草床生態系統處于健康狀態，海南東海岸生態監控區內的珊瑚礁、海草床生態系統，廣西北海生態監控區內的珊瑚礁、海草床及紅樹林生態系統以及北侖河口紅樹林生態系統健康狀況良好；西沙珊瑚礁生態監控區內的珊瑚礁生態系統和雷州半島西南沿岸生態監控區內的珊瑚礁生態系統處于亞健康狀態。主要海灣、河口及濱海濕地生態系統處于亞健康和不健康狀態，錦州灣、萊州灣、杭州灣和珠江口生態系統仍處于不健康狀態。連續五年的監測結果表明，我國海灣、河口及濱海濕地生態系統存在的主要生態問題是無 機氮含量持續增加，氮磷比失衡呈不斷加重趨勢；環境污染、生境喪失或改變、生物群落結構異常狀況沒有得到根本改變。紅樹林和海草床生態系統基本保持穩定，珊瑚礁生態系統健康狀況略有下降。影響我國近岸海洋生態系統健康的主要因素是陸源污染物排海、圍填海活動侵占海洋生境、生物資源過度開發等。總體而言，我國近岸海域生態系統基本穩定，但生態系統健康狀況惡化的趨勢仍未得到有效緩解。
雙臺子河口生態監控區 生態系統處于亞健康狀態。水體氮磷比嚴重失衡，夏季，全海域活性磷酸鹽含量超第四類海水水質標準； 部分水域夏季溶解氧含量未達到第二類海水水質標準的要求；鎘和鉛仍然是影響本區海洋生物質量的主要因子。生物群落結構一般，春季浮游植物密度正常，平均為9.2×104個細胞/立方米；浮游動物密度顯著偏高，平均為77 672個/立方米；底棲生物數量仍然偏低，平均密度為13.1個/平方米；魚卵、仔魚密度低，平均密度分別為2.5個/立方米和2.3尾/立方米。
連續五年的監測結果表明，雙臺子河口生態系統健康狀況總體上處于恢復狀態，主要表現在生態系統健康指數呈上升趨勢，海域石油類含量超第一類海水水質標準面積呈減少趨勢，沉積環境質量持續改善，影響生物質量主要污染因子呈減少趨勢。但陸源污染物輸入、油氣勘探和海水養殖等開發活動對棲息地的破壞依然是影響生態監控區健康的主要因素。近幾年，河口近岸水域春季鹽度波動較大，平均鹽度由2004年同期的33.32持續降為2007年的27.50，2008年又升至31.19，鹽度的波動也對海洋生態系統健康產生一定影響。
錦州灣生態監控區 生態系統處于不健康狀態。夏季近20%水域無機氮含量超第四類海水水質標準。沉積環境質量較差，部分測站重金屬和石油類含量超標。海洋生物質量一般。灣內棲息地面積減小。生物群落結構異常，春季和夏季，浮游植物密度偏低，分別為8.5×104個細胞/立方米和17×104個細胞/立方米；浮游動物密度偏低，平均密度分別為18 441個/立方米和39 388個/立方米。
連續四年的監測結果表明，錦州灣生態系統始終處于不健康狀態，灣內沉積物污染嚴重，生物質量較差。圍填海導致了錦州灣棲息地面積大幅縮減，生境喪失嚴重。灣內生物群落結構異常，浮游植物、浮游動物和底棲生物平均密度始終偏低，生物資源明顯減少。圍填海對棲息地的破壞和陸源排污是影響錦州灣生態系統健康的主要因素。
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