杭州灣生態監控區 生態系統處于不健康狀態。水體呈嚴重富營養化狀態，氮磷比失衡，全部水域無機氮含量超第四類海水水質標準。棲息地面積縮減。生物群落結構狀況較差，春季，浮游動物生物量偏低，平均為24毫克/立方米；魚卵、仔魚種類少，密度低，平均密度分別為6個/百立方米和110尾/百立方米。
連續五年的監測結果表明，杭州灣生態系統始終處于不健康狀態。水體始終呈嚴重富營養化狀態，氮磷比失衡。沉積物中多氯聯苯含量增加。每年灘涂濕地減少10%以上，濕地水生生物和水禽棲息面積不斷縮減。浮游植物群落結構趨向簡單，漁業生物資源衰退。灘涂圍墾、各類海洋海岸工程建設和陸源排污是威脅杭州灣生態系統健康的主要因素。
樂清灣生態監控區 生態系統處于亞健康狀態。水體富營養化嚴重，氮磷比失衡。20%水域活性磷酸鹽含量超第三類海水水質標準，春季，全部水域無機氮含量超第四類海水水質標準；夏季，40%水域無機氮含量超第三類海水水質標準。部分生物體內鎘、砷和鉛含量較高。生物群落結構狀況異常，夏季浮游植物、浮游動物和底棲生物密度均高于正常波動范圍，平均密度分別為7 504×104個細胞/立方米、14 604個/立方米和145個/平方米。
樂清灣分布著我國最北的紅樹林，近年來樂清市開展樂清灣生態修復工作，在西門島國家級海洋特別保護區內積極引種紅樹林幼苗，并開展紅樹林的生長環境研究，努力提高紅樹林的成活率，促使紅樹林面積不斷擴大。
連續五年的監測結果表明，樂清灣生態系統基本保持穩定，生態系統健康指數變化不大。樂清灣水體始終處于嚴重的富營養化和氮磷比失衡狀態，無機氮和活性磷酸鹽含量持續偏高。部分生物體內石油烴含量下降，鉛含量始終偏高。生物群落結構異常，浮游植物、浮游動物和底棲生物多樣性指數始終處于較低水平。圍填海導致灣內流場改變，海水交換能力下降，海灣淤積狀況嚴重，底質環境發生變化。影響樂清灣生態系統健康的主要因素是陸源排污、圍海造地、不合理的海岸工程和海水養殖。
閩東沿岸生態監控區 生態系統處于亞健康狀態。水體有富營養化的傾向，40%水域無機氮含量超第二類海水水質標準，10%水域活性磷酸鹽含量超第三類海水水質標準。部分生物體內砷、鉛、鎘、滴滴涕和石油烴含量較高，70%的生物殘毒檢測樣品中砷含量偏高，50%的檢測樣品中鉛和滴滴涕含量偏高。生物群落結構狀況一般，生物多樣性和均勻度處于一般水平，浮游植物和浮游動物密度高于正常波動范圍，底棲生物密度低于正常波動范圍，夏季，浮游植物、浮游動物和底棲生物平均密度分別為44 380×104個細胞/立方米、5 448個/立方米和68個/平方米，多樣性指數分別為1.41、4.04和2.24。
連續五年的監測結果表明，閩東沿岸生態系統健康狀況呈下降趨勢。水體無機氮和活性磷酸鹽含量持續增高，超海水水質標準面積不斷擴大；pH值呈上升趨勢。沉積環境中，總磷、總氮、硫化物和有機碳含量均呈上升趨勢。部分生物體內砷、鉛和鎘含量持續偏高。圍填海導致灘涂濕地面積不斷減少，生物多樣性降低，生境受損，珍稀物種生存和候鳥遷徙 受到威脅。外來物種互花米草分布面積持續增加，危害不斷擴大。影響閩東沿岸生態系統健康的主要因素是陸源排污、圍海造地、外來物種入侵和資源過度開發。
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