來自發改委的消息，針對全國各類開發區過多過濫，一些地方借開發區之名亂占耕地，侵犯農民利益等問題，2003年7月起，國務院部署開展了對全國各類開發區的清理整頓工作。經過有關部門和地方的努力，開發區清理整頓工作取得積極成效，有效遏制了違規違法占地勢頭，為國家宏觀調控發揮了重要作用。近日，國家發展改革委、國土資源部、建設部聯合發布了《中國開發區審核公告目錄（2006年版）》。
經過集中清理整頓、規劃審核、設立審核及落實四至范圍等幾個階段的開發區清理整頓工作，到2006年12月，全國各類開發區由6866個核減至1568個，規劃面積由3.86萬平方公里壓縮至9949平方公里。
在開發區規劃審核階段，有關部門運用土地政策參與宏觀調控，依法按規劃辦事，堅持“區別對待、有保有壓”原則，收緊“地根”，把住土地供應“閘門”，并將“四個必須”（必須符合規劃、占用耕地必須實現“占補平衡”、必須足額支付征地補償費、必須依法繳納新增建設用地土地有償使用費）作為省級及省級以下開發區通過規劃審核的必要條件。
在設立審核中，國家有關部門將保留的開發區規范為三種類型：即綜合性經濟開發區（或工業園區）、高新技術產業園區和特色產業園區，并參照命名規范進行了重新定名。對于一個區域內規劃面積相鄰、區位相近的開發區予以整合。通過整合，有利于整體統一規劃、基礎設施建設共享，防止重復建設和惡性競爭，推動開發區合理布局。同時，在每個縣、縣級市、城市遠郊區原則上只保留了一家開發區，使縣域范圍內工業項目向開發區集中。不再保留設立在水源保護區、國家自然保護區、風景名勝區、森林公園、濕地等生態環境敏感區的開發區。在飲用水源上游規定區域范圍、人口密集區主導風向的上風向，限制設立化工、造紙、醫藥等類型的開發區。對確需保留的開發區，均要求與上述區域保持合理距離、提高企業環保門檻，經省級環保部門進行核查后，出具區域環境達標的書面審核意見。同時，對中西部地區、東北老工業基地的資源枯竭型城市、部分老、少、邊、窮地區的開發區，在入園企業個數、基礎設施建設水平、產業發展規模等具體審核條件上給予了一定傾斜。
通過設立審核的開發區，落實開發區“四至范圍”（東、南、西、北四周邊界），將開發區清理整頓的成果落實到了具體地塊上，同時對開發區邊界拐點進行實地測量，獲取了拐點坐標數據。這不僅有效防止了開發區四處“漂移”和變相擴區，也為開發區用地實施數字化規范管理，提升管理水平打下了堅實基礎。
改革開放以來，開發區的發展對體制機制創新、改善投資環境、發展開放性經濟、推動工業化和城鎮化進程，發揮了重要作用。新時期要認真總結經驗，遵循“布局集中、用地集約、產業集聚”原則和標準，統籌規劃開發區發展，把開發區辦成產業集聚、特色鮮明、布局合理、功能配套、設施完善、集約用地的工業集中區，這既是貫徹落實落實科學發展觀、構建和諧社會的客觀要求，也是走新型工業化道路的必然選擇。國家將建立開發區健康有序發展的長效機制，針對開發區發展遇到的新情況、新問題，明確開發區建設方針，規范發展方向，提出制定規劃、總量控制、優化布局、完善體制、加強開發區土地管理和基礎設施建設，保護生態環境，嚴格開發區設立、擴區審批，加強開發區信貸和財稅管理等要求。目前，為鞏固開發區清理整頓成果，防止再度出現過多過濫的情況，按照國務院的要求，仍繼續暫停新設和擴建各類開發區，集中力量辦好現有合規公告的開發區。
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