第四章 前補助項目（課題）預算管理
第十六條 前補助是指項目（課題）立項后核定預算，并按照項目（課題）執行進度撥付經費的財政支持方式。
第十七條 重大專項前補助項目（課題）預算包括收入預算和支出預算，應當全面反映重大專項組織實施過程中的各項收入與支出，做到收支平衡。
第十八條 重大專項前補助項目（課題）收入預算包括中央財政資金、地方財政資金、單位自籌資金以及從其他渠道獲得的資金。收入預算的編制，應當根據各重大專項的目標、任務和實施階段，合理確定政府投入資金和其他渠道資金使用的方向和重點。領導小組、牽頭組織單位和項目（課題）承擔單位應當根據重大專項實施方案和實施計劃，落實除中央財政資金以外的其他渠道的資金。項目（課題）承擔單位編制重大專項項目（課題）預算時，應當提供其他渠道資金來源證明，領導小組和牽頭組織單位匯總項目（課題）預算時予以重點審核。
第十九條 重大專項前補助項目（課題）支出預算包括直接費用和間接費用。支出預算的編制，應當圍繞重大專項確定的項目（課題）目標，堅持目標相關性、政策相符性和經濟合理性原則，有科學的測算依據并經過充分論證，以滿足實施重大專項的合理需要。
第二十條 牽頭組織單位根據國務院審議通過的重大專項實施方案，確定項目（課題）及其承擔單位。組織項目（課題）承擔單位財務部門會同科技管理部門編制項目（課題）總預算和年度預算，作為實施計劃的組成內容，按規定程序逐級上報至三部門進行綜合平衡。
第二十一條 牽頭組織單位根據三部門綜合平衡意見，組織修改和完善項目（課題）總預算和年度預算，由財務部門會同科技管理部門匯總編制重大專項預算建議方案，按規定程序在當年“一上”部門預算前一個月報送財政部，同時抄送科技部和發展改革委。有兩個及以上牽頭組織單位的，由第一牽頭組織單位聯合其他牽頭組織單位匯總報送。
第二十二條 財政部組織重大專項預算評審，結合評審結果及當年財力狀況，批復重大專項項目（課題）總預算與分年度預算。牽頭組織單位應當根據項目（課題）立項批復和財政部批復的項目（課題）總預算與分年度預算，與項目（課題）承擔單位簽訂任務合同書。
第二十三條 財政部根據批復的重大專項項目（課題）總預算與分年度預算，確定下年度項目（課題）預算控制數，下達至牽頭組織單位，同時抄送科技部、發展改革委和領導小組組長單位。有多個牽頭組織單位的，預算控制數分別下達至各牽頭組織單位。
第二十四條 牽頭組織單位根據下達的年度預算控制數，組織編報“二上”預算。
第二十五條 財政部按照法定預算程序正式批復牽頭組織單位重大專項項目（課題）年度預算，并將批復情況函告科技部、發展改革委和領導小組組長單位。
“極大規模集成電路制造裝備及成套工藝”重大專項按照地方專款預算管理的有關程序執行。
第二十六條 重大專項資金納入國庫單一賬戶體系管理，實行國庫集中支付。項目（課題）承擔單位應當按規定開立特設賬戶。牽頭組織單位應當按照批復的預算、用款計劃、實施進度和規定程序，及時通過國庫集中支付方式，將資金支付到財政部門批準項目（課題）承擔單位開設的重大專項資金特設賬戶。特設賬戶納入國庫動態監控體系管理。特設賬戶開立等事項，按照國庫集中支付制度有關規定執行。
第二十七條 牽頭組織單位負責組織項目（課題）預算的執行。重大專項資金根據項目（課題）實施進度和關鍵節點任務完成情況進行撥款。牽頭組織單位應當根據任務合同書，在合理劃分項目（課題）研發階段和關鍵節點、明確關鍵節點的任務、研發進度及重大專項資金撥付條件的基礎上，考核各項目（課題）的階段目標和關鍵任務節點的完成情況，并據此在1個月內提出用款計劃，財政部審核后支付資金。
第二十八條 項目（課題）承擔單位應當嚴格按照批復的預算執行，并通過特設賬戶管理和核算重大專項資金。
項目（課題）預算一般不予調整，確需調整的，應當履行相關程序。在項目（課題）執行期間出現目標和技術路線調整、承擔單位變更等重大事項，致使項目（課題）總預算、年度預算、項目（課題）間接費用以及直接費用中設備費、基本建設費預算發生調整的，應當由牽頭組織單位按規定程序報財政部核批。
第二十九條 重大專項資金實行決算報告制度。重大專項資金決算應當包括中央財政資金、地方財政資金、單位自籌經費等渠道安排的用于重大專項的各種經費。
項目（課題）承擔單位應當按照規定編制年度財務決算報告。項目（課題）經費下達之日起至年度終了不滿三個月的課題，當年可以不編報年度決算，其經費使用情況在下一年度的年度決算報表中編制反映。項目（課題）決算由承擔單位財務部門牽頭編制。項目（課題）決算報告按程序經審核、匯總后，于次年4月20日前報送牽頭組織單位。
重大專項項目（課題）通過驗收后一個月內，項目（課題）承擔單位應當編制項目（課題）決算，將項目（課題）經費使用情況逐級（層）報至牽頭組織單位，牽頭組織單位審核匯總后報財政部。
第三十條 未完項目（課題）的年度結存經費，按規定結轉下一年度繼續使用。項目（課題）因故中止，承擔單位財務部門應當及時清理賬目與資產，編制財務報告及資產清單，報送牽頭組織單位。牽頭組織單位研究提出清查處理意見并報領導小組審核后，報財政部批復。
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