二、指導思想、原則和目標
（一）指導思想
以鄧小平理論和“三個代表”重要思想為指導，全面落實科學發展觀，圍繞社會主義新農村建設的戰略目標，按照“自主創新、加速轉化、提升產業、率先跨越”的科技指導方針，以提升漁業科技創新能力為核心，加快關鍵技術突破、技術系統集成和科技成果轉化，促進漁業增長方式轉變，優化結構、提高質量、增加效益、保障安全，為實現“兩確保、兩促進”的“十一五”漁業發展目標和建設“資源節約、環境友好、質量安全、優質高效”型漁業提供強有力的科技支撐。
（二）基本原則
系統研究，突出應用。堅持基礎研究、應用技術研究和產業化開發并重，突出制約產業發展的重大應用技術研究和技術集成，注重對國外高新技術的引進、消化和再創新，注重其他行業先進技術向漁業領域的延伸、交叉和融合。
統籌兼顧，分類指導。堅持漁業生產、資源養護和環境保護相統一，推進漁業科學研究全面協調發展，落實“以養為主”的方針，對養殖、捕撈、加工實行分類指導，重點突破制約行業發展的關鍵技術和共性技術，提高產業的核心競爭力。
創新機制，凝聚力量。建立“穩定支持、適度競爭”的投入機制，實行“頂層設計與生產需求相結合”的立項機制，推進跨單位、跨區域的農科教、產學研的大協作，形成聯合攻關團隊與戰略聯盟，促進突破性大成果的產生和創新效率的提高。
項目拉動，平臺支撐。以國家“973”、“863”、科技支撐、國家基礎條件平臺、國家農業科技專項、良種體系建設工程和948引進計劃等項目為切入點，帶動漁業科技創新工作的開展；同時，加強重點實驗室和野外臺站等技術平臺建設，為漁業科技創新工作提供必要支撐條件。
（三）總體目標
到2020年，形成并完善漁業科技創新體系，漁業科技的整體實力進入世界前列。漁業科技投入得到較快增長，科技成果轉化率和科技進步貢獻率均達到63％以上，實現漁業大國向漁業強國的轉變。
（四）“十一五”目標
“十一五”期間，構建出漁業科技創新體系基本框架，漁業科技成果轉化率達到50%以上，漁業科技進步貢獻率達到55%以上，漁業規模化、標準化、產業化程度進一步提高。
——建立較為先進的我國水產養殖動植物良種培育及苗種繁育技術體系，培育10個左右水產養殖優良品種或品系，水產苗種的遺傳改良率提高5個百分點。
——近海漁業資源養護和水域環境保護技術水平明顯提高，水域生態環境惡化、漁業資源衰退、瀕危物種數目增加的趨勢得到初步緩解。
——水產品加工與高值化利用技術明顯提升，水產品加工的比例提高10個百分點。
——突破水產品質量安全保障技術，技術標準普及率提高10個百分點；重大疫病發生率下降5－8百分點。
——漁業裝備技術水平得到大幅度提升，漁業綜合生產效率提高15－20％，漁業綜合能耗降低10%。
——實施5萬個核心示范戶主體培訓，培訓100萬漁民；重點區域主導品種和主推技術入戶率和到位率達到95%以上。
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