明代（公元1368—1644年）
公元1368年，明朝取代元朝，采用收繳元朝舊敕舊印，換發明朝新敕新印的形式和平過渡，繼承了對西藏地方的國家主權。
明朝沒有沿用元朝的職官制度，而是建立了一套別具特色的僧官封授制度。各地有代表性的政教首領人物，明朝均賜封以不同的名號，頒給他們印章和封浩，命其管理各自的地方，其職位的承襲須經皇帝批準，皆可直通名號于天子。
在行政區劃與軍政機構設置上，明朝在西藏基本上承襲了元朝的劃置方式。在元代烏思藏宣慰司、朵甘宣慰司故地，明朝設立烏思藏、朵甘兩個衛指揮使司和俄力思軍民元帥府。后來，又將烏思藏、朵甘兩個衛指揮使司升格為行都指揮使司，其下設指揮使司、宣慰司、招討司、萬戶府、千戶所等機構。各級軍政機構的官員，均封委當地的僧俗首領出任。各級官員之任免、升遷，概由明朝中央直接決定，并頒授印誥等。
清代（公元1644—1911年）
公元1644年，清朝定都北京，進而統一中國。清朝循歷史定例在西藏行使主權，只要前朝所封官員進送舊朝印信，即改授新朝印信，其原有地位不變。1652年，藏傳佛教格魯派五世達賴喇嘛應召到北京覲見順治皇帝，次年受到清朝正式冊封；后來，五世班禪又受到康熙皇帝的冊封。達賴喇嘛和班禪額爾德尼的封號和他們在西藏的政治宗教地位由此被正式確立，此后歷世達賴、班禪須經中央政府冊封遂成定制。
清朝對西藏的施政管理，在總結元明兩朝治藏經驗的基礎上，根據實際情況和形勢變化作了重大而全面的調整，例如：設置駐藏大臣總攬全藏；調整西藏地方的政教管理體制；賜封達賴喇嘛、班禪額爾德尼名號，并確定了金瓶掣簽制度；確立西藏地方涉外事務、邊境國防的決定權歸中央等原則；勘定今西藏與青海、四川、云南間的界線；規定達賴喇嘛、班禪額爾德尼的轄區及權限，劃分了駐藏大臣直轄區，等等。
中華民國時期（公元1912—1949年）
1911年辛亥革命推翻了封建帝制，次年建立了中華民國?！吨腥A民國臨時約法》中明文規定：西藏是中華民國22行省之一。此后正式頒布的《憲法》等法律法規，也都明確規定西藏是中華民國的一部分。
1912年7月，民國政府設立管理蒙藏事務的中央機構——蒙藏事務局（1914年5月改稱蒙藏院），并任命中央駐藏辦事長官，直屬國務總理，例行清朝駐藏大臣職權。1929年蒙藏院改制為蒙藏委員會。1940年4月，蒙藏委員會在拉薩設立駐藏辦事處，作為中央政府在西藏的派出機構。第十四世達賴喇嘛本人的認定、坐床也是經當時中華民國國民政府批準的。
民國時期的大量檔案記載證明，民國時期的歷屆國會、國家最高權力機關、全國性議事機構或歷次國民大會，達賴喇嘛、西藏地方政府和班禪額爾德尼都派有代表參加，并被選舉或委任各種國家公職，參與國家事務管理。
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