轉型期體制改革的重要特點被稱為是“內部人改革”，即在缺乏社會參與和利益博弈機制的情況下，由掌握重要資源的權力部門自己進行的改革。它容易造成基于壟斷而產生的部門利益及特殊利益集團，造成扭曲的市場和不公平競爭，敗壞改革的形象，引致人們對改革方向的懷疑。打破“內部人改革”的關鍵是推進政府行政治理制度改革，這也是突破利益集團對改革阻力的根本出路，而行政治理制度改革的任務已經不能停留在簡政放權這樣的層面，而是要在制度設計、制度建設、制度創新基礎上，提供新的制度供給。
政府治理制度的變革反映在教育領域，在從計劃經濟體制下的教育體制向市場經濟體制下的教育體制的演變過程中，政府的作用及其管理方式的變化表現在三個方面：
一是政府系統內部，中央與地方、部門與部門，即集權與分權；
二是政府與學校，即管制與服務；
三是政府與社會，即公共服務的生產與提供。從改革的進程看，三者的變化程度是遞減的，政府系統內部的改革調整力度最大，包括：中央與地方政府在基礎教育、高等教育管理權的下移；高等教育部門辦學、條塊分割轉變為條塊結合、以省為主；建立國家教委（現為科教領導小組），加強政府統籌等。在政府與學校關系上，明確學校依法自主辦學的地位和權利，學校也比過去享有更多的自主權，但仍未建立完善的制度，既有政府干預過多，也有監管不嚴的問題。在社會參與方面并未有實質性變化，基本處于政府直接控制之下。因此，政府治理制度、學校制度與社會參與制度都需要在進一步的教育改革中得以完善。
一、完善政府職能
合理確定政府在教育管理中的應有職能，哪些地方可以進入市場機制，哪些必須由政府承擔，防止政府在管理中的越位、錯位和缺位現象，有效地發揮政府的社會管理和公共服務職能；探索政府全面履行職能的實現模式，規范行政權力和行政行為，運用法律手段實施教育管理，真正實現政府治理方式從“全能政府”向“有限政府”轉變，從行政指令向法治政府轉變，從“正面清單轉向負面清單”，從“管制型政府”向“服務型政府”轉變。包括建立教育公共財政制度，調動地方政府的積極性，中央政府通過立法、規劃、撥款等方式進行宏觀管理；多元化學生資助的參與者，鼓勵社會力量參與學生資助的同時，完善學生貸款模式和監督機制；以及進一步明晰高等教育領域內投資主體與辦學者的權責，根據政校分離的原則，實現所有權與經營權相分離，最終建立成熟的現代大學制度等。
二、建立現代學校制度
建立現代大學制度，首先，有四個問題需要探討：一是如何看待我國學校的法人地位？因為學校是否具有法人資格，在不同國家情況是不同的。如日本近幾年剛進行大學法人化的改革，目的是為了給大學以更多的自主辦學權力，也承擔更多的責任；而中小學仍未明確其法人資格。可見，學校法人資格和地位是探討現代學校制度需要回答的現實問題。
二是如何設計和安排不同類型學校的產權和管理制度？一方面它們都是獨立的自主辦學的實體，都應該依法自主辦學；另一方面由于辦學主體不同，其產權關系、同政府的關系包括政府的管理內容和方式都有所區別，需要加以具體設計，并納入法律框架。
三是學校管理中，政府如何區分所有者和管理者的角色？作為所有者，政府如何實施對國有校產的監管，其有效的組織形式與制度框架有待探索和實驗；作為管理者，政府對所有學校包括公辦學校和民辦學校應該一視同仁，不應有親疏之分。
四是如何看待學校經營？經營問題實際上就是要在學校管理中引入“成本——效益”的機制，現在許多學校在招生和就業中應用的市場拓展手段，在學校發展中用的“品牌”戰略，在選擇性教育中用的收費辦法以及在學校管理中應用的績效制度、后勤企業化經營等做法，實際上都帶有學校經營的性質，問題在于是把這些經營手段作為學校發展的基本戰略？還是作為學校管理的一種手段（同時把它限制在特定的范圍，服務于學校教育教學的根本目的）？我認為應該是后者而不是前者。
其次，建立學校依法自主辦學的法律制度。只有通過法律形式確定的政府與學校的關系，才具有公正性和穩定性，而如果政府與學校的關系及其權利和義務僅由行政單方面決定，就既缺少不同利益主體之間的博弈機制，也缺少制定或改變規則的法定程序，也就難以保證學校與政府的關系以及學校地位的公正性與穩定性。
再次，完善學校治理結構中行政權力與學術權力相互制衡的制度安排。學校工作的主要內容是教學和科研，而教學和科研的主體是教師，因此，如何確定教師在學校治理結構中的地位和作用，如何確保教師在教學和科研中的自主性，是學校治理結構中的關鍵性問題。從宏觀方面說，要解決教育法規如何保障教師的合法權益，如何保障學術自由的法律和政策環境，如何建立健全的教師資格制度，如何實施保證教師有一定自由度的課程政策等問題；從學校治理方面說，要在組織架構和制度程序上體現“行政力量——市場力量—學術力量”的相互協調和制衡的機制，其中特別重要的是，教師或教師代表要參與決策和管理機構，行使相應的權利；教學和學術領域的問題，不能完全用行政決策和行政命令的方式處理，而要由教學人員自主地決定和實施。總之，在學校治理和學校運行過程中，要避免過分行政化的偏向，使教學和學術活動真正成為學校活動的中心，并通過教學和學術的創新過程，使行政力量與學術力量實現互動和制衡。
最后，完善學校決策、執行、監督機構間相互制衡的制度安排。現行的校長負責制的管理體制實際上是決策與管理合二為一的體制，需要在具體實施中補充決策機構和相應的機制，可以有兩種做法：一是建立相應的決策機構，吸收校內外相關的利益代表參加，重大問題由決策機構議決，需要由決策程序作保證；二是學校規模較小的，不必建立決策機構，可以通過建立重大問題的決策程序和制度，保證決策的民主化和科學化。
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