我國現階段進行的教育體制改革的基本目標是改革在計劃經濟體制基礎建立起來的教育體制，建立適應社會主義市場經濟體制的教育體制。故教育與市場的關系、市場對教育發展尤其是對教育資源配置的調節作用是改革的一個重要內容和取向。然而，教育具有市場不完全性和分配不平等性的特征，作為一種稀缺資源，只憑市場力量，難以保證教育資源配置的公平，并導致擴大教育的貧富差距。
因此，教育的公益性特征以及市場作用的局限性，決定政府在教育發展中的主導作用。但是政府作用也存在局限性：
一是政府的內在性，導致較高的單位成本和比社會有效水平更低的非市場教育產出水平，從而產生了政府失靈；
二是在政府管理過程中，獲取、加工信息的過程和管理過程被分離，管理者和信息員各司其職，這種“分工”的優勢可以形成規模信息和規模管理，產生規模效益，但難免出現“信息滯留”，導致信息成本提高、效率降低的情形，大大降低了政府決策的有效性；
三是“經濟人”問題，在我國教育法制不健全的制度環境下,教育管理者往往傾向于追求其自身特殊的利益，而不是為公眾領域所要達到的最終目標努力。
誠如斯蒂格利茨所言，雖然市場存在失靈問題，且要求政府以某種形式進行干預，但它沒有必然地要求政府進行生產。由此可見，無論選擇政府或市場，都有可能功能失靈，產生既低效又不公平的后果。因此，在體制創新上，我們既不能選擇純粹的市場，也不能選擇純粹的政府，而是兩者相互作用，避免政府與市場的內在缺陷。
目前來看，政府和市場都存在“缺位”和“越位”的問題，其中政府的“缺位”和“越位”是主要的。所謂“缺位”主要是指在規范市場規則、維護公平競爭的市場秩序、保護弱勢群體利益，保證社會公平等方面沒有充分履行政府職能，如教育公共財政制度和學生資助制度仍需完善，政府對公辦學校經費撥款占教育經費比例明顯下降，包括對農村義務教育的投入一度不能保證教師工資的按時足額發放，其他辦學條件更得不到基本保證，造成農村教育尤其是義務教育的嚴重困境。所謂“越位”是指某些地方政府以不同方式介入市場運作，包括公辦學校改制、名校辦民校中的政府介入，政府建校用民辦機制運作等形式，這樣做的后果是公共權力進入私人領域，實際上是一種權力尋租行為，一方面政府成為利益相關方，難以維護公平競爭；另一方面公職人員參與市場運作，同學校的相關人員形成利益集團，必然成為改革的阻力。
一、教育公共財政制度的滯后
盡管2000年后政府制定了一系列政策來改善農村義務教育，然而這些工程還是政府實施的專項政策，并不是制度安排，財政部已經提出的義務教育經費保障新機制，是朝著這個方向前進的重大步驟，但要實現真正的、全面的免費義務教育還有賴于國家公共財政制度的建立。
從義務教育經費保障新機制的實施效果來看，一方面，新機制不能平衡各地區的教育經費需求差異。據對吉林省安圖縣的調查顯示，自實行農村義務教育經費保障新機制后，雖然比“一費制”期間有很大的改觀。但是，“新機制”是按學生人數撥付給學校經費，而有的地方尤其是朝鮮族人口下降的地區，生源逐年減少，學校的相關費用，如取暖、水電、電話和其他相關費用卻沒有減少，造成部分學校經費緊張。[ZW（http://www.cfi.net.cn/newspageaspx?id=20070108002059&AspxAutoDetectCookieSupport=1。[ZW）]二是建立危房改造的標準問題，按照國家標準制定的危房改造資金缺口由誰負擔？以湖北省為例，自2003年9月以來，新增D級危房面積接近200萬平方米，按照每平方米350元的國家參考標準測算，2005年后全省還需投入7億元資金用于危房改造，而這些經費除每年“固定轉移支付用于危改的資金”約9000多萬元外，沒有其他穩定的來源渠道。三是教師的工資評定標準問題。“新機制”免收學生的雜費后，教師的工資全部由財政負擔，評定工資的標準主要是老師的工齡和職稱工資即所謂國標工資，各地的地方性津貼和年終獎勵都不在現有的經費保障機制之列，學校更沒有經費獎勵優秀教師，對教師激勵不足導致沒有能力吸引或留住人才。因此，政府需要在基本標準的基礎上，核定不同地區的生均成本，并由此建立教育公共財政制度，為義務教育發展提供持續的制度保障。
二、學生資助制度仍需完善
學生資助制度按照是否需要還款可以分為兩種，一種是針對貧困線以下學生發放的獎助學金或減免學費，不需還款；另一種是學生貸款，借貸學金，政府貼息，有固定收入后逐年還貸。
目前，這兩種方式存在的問題主要包括兩個方面：第一、政府資助力度稍顯偏低。2007年助學金資助面加大，相當于過去的7倍，中央與地方共同設立國家勵志獎學金，資助面平均占全國高校在校生的3%；然而，2007年中國居民消費價格(CPI)上漲48%，學生資助標準卻沒有變化，學生拿到的資助并沒有因CPI上漲而增加。第二、學生助學貸款和還款制度缺乏監督機制。2007年7月18日，中國工商銀行北京分行以“債務催收公告”的形式將1200余名拖欠助學貸款的違約借款人的個人信息公布于眾，本息總計715189096元，意圖借助媒體和社會力量達到征收欠款的目的。姑且不論是否涉及個人隱私，這卻暴露了我國助學貸款還款制度的缺陷。一方面，我國助學貸款是定期等額還款，還款期限和還款金額是預先確定，與還款人的實際收入無關，對違約拖欠缺少保護是它的先天缺陷。[ZW（]梁愛華、沈紅：“學生貸款中的風險及其防范”，中國教育經濟學年會會議論文，2007年。[ZW）]另一方面，與之相配套一系列制度仍然不成熟，一是缺失居民收入透明和核查制度，我國收入制度不透明，難以獲得家庭勞動收入和非勞動收入狀況，以現有的家庭經濟狀況判定學生是否應給與資助有失公平；二是金融信用制度的不完善，銀行在獲取助學貸款借款人信息時往往處于被動，信息掌握不完全，同時借款人獲取貸款后，畢業時因工作流動等原因合同所記信息“失效”，導致銀行難以追回貸款，雙方信息的不完全和不對稱使信用的性質發生一定程度的扭曲，影響金融信用的效率；三是學生信息跟蹤制度不完善，學生畢業后家庭住址、電話、工作單位變動等很難聯系到個人，有可能導致欠款不還。
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