每年審計報告所列問題的查處情況，備受社會各界關注。
正在北京參加十一屆全國人大常委會第十二次會議的常委會組成人員，都收到了一份由常委會辦公廳轉來的國務院辦公廳關于今年審計報告查出問題整改情況的函。來函對2009年6月審計署向全國人大常委會提交的年度審計報告的各項問題，一一給予“回應”。
26億余元被追回歸還 近百人受查處
審計署提交的審計報告，受到全國人大常委會和國務院高度重視。
今年6月，十一屆全國人大常委會第九次會議審議審計報告時，明確要求加大整改和處理力度，認真分析產生問題的深層次原因，推動有關部門完善財政管理方面的政策措施，建立預防財政違法違紀行為的長效機制，并將整改和處理情況向全國人大常委會報告。
國務院也召開了常務會議進行專題研究部署，要求有關地區、部門和單位以高度負責的精神，進一步抓好整改工作，不斷推進制度建設，逐步健全責任追究和問責機制。
國務院辦公廳在關于審計報告的來函中說，各被審計單位認真進行整改。截至2009年10月底，已追回或歸還被擠占挪用的資金26.34億元，根據審計建議完善各項制度規定1125項。審計發現的119起涉嫌違法犯罪案件線索移送紀檢監察和司法機關查處后，已有31人被依法逮捕、起訴或判刑，60人受到黨紀政紀處分。
七成中央部門預算執行審計問題已整改
來函指出，這次中央部門預算執行審計發現違規和損失浪費問題共計45.17億元，已整改31.66億元，占70%。主要是：
――關于擠占挪用和轉移財政資金14.83億元的問題。已通過歸還原資金渠道、上繳中央財政和規范管理等方式整改11.91億元，對其他問題相關單位已制定整改措施，正在落實中。
――關于多報多領財政資金3668萬元的問題。已通過上繳財政或繳入上級部門統一管理等方式全部整改。
――關于違規收費6.22億元的問題。已通過停止違規收費、補辦收費報批手續等方式整改3.99億元；關于未及時上繳非稅收入19.08億元的問題，已通過上繳中央財政或報財政部調整預算等方式整改15.33億元。
――關于會議費和公務出國費管理不夠嚴格的問題。中央部門高度重視，有17個部門組建了會議費清查小組，清理會議支出，收回存放賬外和被侵占的資金，將擠占挪用資金歸還原資金渠道。
――關于20個中央部門2008年決算(草案)中少計收入、結余和資產共計16.71億元的問題。這些部門已通過調整決算及有關賬務等方式整改15.76億元。其余涉及少計固定資產等方面的問題，有關部門正在組織清理，待核實無誤后再調整賬務。
162座“問題水庫”正在整修重建 抗震救災資金物資使用出臺570多項制度
審計發現了病險水庫除險加固工程中的不少問題。針對這些問題，水利部通過多種方式督促有關地方、部門和單位進行整改，通報批評了問題嚴重的部分項目單位。對延長工期的問題，有關單位采取措施加快了工程建設進度，截至2009年10月底，列入全國病險水庫除險加固3年目標任務的6000多座水庫，除個別大型水庫需按計劃跨年度施工外，其他項目可在2010年底前完工；對162座因擅自減少或變更部分主體工程等存在質量缺陷或安全隱患的水庫，有關地方政府已整修或重建了127座，其余在2010年汛期到來前可全部完成整修或重建工作；對一些水庫除險加固工程建設和財務管理比較混亂的問題，相關地方和單位已收回被侵占、出借或挪用的資金1.68億元，處理責任人67人。
針對汶川地震抗震救災資金和物資跟蹤審計查出的問題，審計機關和各部門及相關地方政府緊密配合，堅持邊審計、邊整改、邊規范、邊提高的原則，全部整改了審計指出的問題。有關方面根據審計建議，出臺了570多項制度規定。
近4億元違規擇校費等被退還或上繳挪用支農資金建房買車問題全獲糾正
違規擇校費、違規使用支農資金、違規享受種糧補貼……針對審計報告列出的重點資金審計查出的問題，各有關部門也都采取了整改措施，并取得成效。
針對城市基礎教育經費審計調查發現的問題，教育部、財政部聯合要求加強全國城市基礎教育財務管理工作和制度建設。19個城市通報了審計調查情況，有針對性地制定和完善了一系列規章制度。有的地區還對審計調查未涉及的中小學校進行了全面檢查，建立了整改工作督查制度。
截至2009年10月底，違規收取的擇校等費用已退還學生或上繳財政3.84億元，占審計調查發現此類違規資金總額的76%；違規統籌和擠占挪用資金已歸還原渠道10.93億元，占審計調查發現此類違規資金總額的60%；滯留資金已安排使用19.11億元，占審計調查發現此類違規資金總額的78%；化解學校債務7.86億元，占審計調查發現此類違規資金總額的37%。
針對財政支農資金審計調查發現的問題，發展改革委、財政部等部門認真研究完善政策制度，督促地方整改。截至2009年10月底，違規使用的26.93億元支農資金，已整改26.37億元，占違規資金總額的98%，其中挪用5837.4萬元建房買車的問題已全部糾正。
215億元房地產行業貸款已全部整改 63.72億元企業損失正在挽回
來函報告了審計金融機構發現問題的整改情況。關于審計發現的“違規發放土地儲備貸款、虛假按揭貸款以及向不符合條件的房地產企業提供貸款215億元”和“因貸后監管不嚴有43.6億元信貸資金違背貸款用途”等問題，6家銀行已全部整改。關于向不符合國家產業政策或未經批準立項的投資項目發放106.9億元貸款的問題，6家銀行已收回或整改74.55億元。
來函還報告了審計企業查出問題的整改情況。關于通過調整賬目等方式多計、少計利潤和資產的問題，13戶企業已全部整改。關于因決策失誤、管理不善和違規操作等造成損失63.72億元的問題，有關企業正在采取措施挽回損失，初步確認有28.42億元損失已無法追回。13戶企業還建立健全了360項財務和內部管理等方面的制度，加強了財務管理，規范了決策程序。有關部門正在研究進一步完善引導和支持企業提升核心競爭力的相關政策措施。
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