雖然住房制度改革發展進程較快，并隨著市場的變化和發展隨時進行調整，但與全面建設小康社會、構建和諧社會的發展目標相比，住房制度仍不完善。主要表現為政府公共服務職責缺位，住房保障發展滯后，調整住房供應結構步伐較慢，住房法律制度有待健全和完善等。深層次的原因是住房體制機制還不完善，符合國情的住房建設和消費模式尚未建立。
一、住房法律體系有待完善，住房制度改革的重心未能時向住房發展目標轉化
目前，在住房制度建設中，還缺乏一部基本法，即住宅法。大部分規定是以政策和規章制度體現的，立法層次不高，缺乏長遠性和長效機制。解決全社會的住房問題又是一項長期的工作，最重要的是要加強立法，把住房制度納入法制化軌道。
另外，隨著房改任務的逐漸完成，住房制度改革的重心應逐步轉向制定科學的住房發展規劃和目標。通過科學的規劃和明確的目標、保障手段等，逐步實現全面建設小康社會的住房發展目標。目前，大部分地區房改任務工作量較小，編制的住房發展規劃缺乏科學性和可持續發展機制，流于形式化，不利于住房制度建設的不斷完善和房地產業的持續發展。在當前住房保障供需突出的形勢下，更應加大完善保障性住房的相關法律制度，調整保障性住房相關機制。
二、多種因素導致政府的核心作用未得到完全發揮
隨著房地產市場的快速發展，房價的持續走高，廣大低收入家庭住房消費能力相對降低，過去依賴市場化途徑解決住房問題已面臨重重困難。市場不是萬能的，市場失靈部分就需要政府積極干預及時跟進。但由于政府在保障性工作中的滯后性，導致住房保障工作缺位，政府在行使公共職能方面未能充分有效發揮其職責。
住房保障工作缺乏長效機制。住房保障是伴隨經濟社會發展長期存在的問題，并且在不同的發展階段，保障政策目標及保障對象、內容、標準和具體要求也存在差異，只有著眼長遠、制定有效措施才會逐步解決這個問題。目前，各地普遍都對住房保障問題缺乏深入研究，因此，不能結合實際，科學確定保障的條件、人數比例及具體措施；未將住房保障列入政府工作長期規劃和年度計劃，保障目標不明確、保障依據不充分、保障措施單一，導致短期性、應對性、隨意性的行為較多。
三、保障資金缺乏長期穩定渠道，公積金增值收益和土地出讓收益只能解“燃眉之急”
從發達國家的經驗來看，各國在公共財政支出中都有社會保障住房一項，為住房保障提供穩定的資金來源。例如英國中央財政預算中的住房保障資金，大約占預算支出總額的6%左右。德國雖然規定由州政府負責解決居民的住房問題，但中央政府財政預算中也有相當一部分的住房保障資金。如1999年度，德國聯邦交通和住房部掌握的州際道路交通及住房資金500億馬克(僅次于社會保障部)，用于住房的資金占100億馬克；其中住房儲蓄獎勵全部由中央財政負擔。
當前，大部分城市的住房保障資金來源主要是住房公積金增值收益和土地出讓凈收益等，只有上海等很少的城市建立了財政資金支出主渠道。而租金補貼方式的住房保障方案，則需要長期穩定的資金支持。
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