雖然國稅總局文件的直接效果是導致股市中的房地產股全線崩潰，但土地增值稅究竟對房地產業和房價會產生怎樣的影響，仍然有待觀察。
與金融政策相比，財政稅收政策對國民經濟的調控效果來得更為直接，因而稅收政策的運用往往被看作是政府實施產業政策的直接手段，國家對土地增值稅的嚴格征收，無疑會給房地產行業帶來直接的影響。
對房地產業的影響主要有三。
最大的影響莫過于房地產業暴利時代的結束。對房地產企業所開發項目的增值部分征收累進稅，將會大大壓縮房地產企業的利潤空間。雖然土地增值稅的征收工作早已進行，但各地一般實行預繳制度，按照銷售額的1％或2％預先繳納，待項目結束后重新核算并多退少補。這種做法雖然合理，不過房地產公司也往往利用這一制度產生的漏洞，通過延長銷售時間、保留項目公司等手段規避最后的稅收清算，實際達到了避稅的效果。國稅總局此次通知所要求的規定比以往嚴格許多，這將使土地增值稅的征收更加積極有效，因而會壓縮房地產企業的合法利潤空間。當然，開發商對于稅政風暴依然會采取各種方法避稅，包括加大開發成本等方法。不管怎樣，房地產企業暴利時代必然終結。
第二個影響是將導致房地產業的合并重組，一些小項目公司將倒閉。從一般開發商的運作情況看，其都是利用土地增值稅的預繳制度，實際在項目公司存續期內，盡可能避免土地增值稅的清算和繳納。這種避稅措施實際為開發商進行下一期的開發活動提供了資金。一旦土地增值稅受到嚴格征管，那么中小開發商的資金供應將受到制約，其無法進行多期的房地產開發工作，部分企業由于資金鏈斷裂而倒閉，房地產業可能形成大企業主導市場的局面。
第三個影響是囤積土地現象將得到抑制。由于土地增值稅實行累進稅率，那么所開發項目的利潤空間越大，所繳稅收就越多。這將對依靠囤積廉價土地而獲取暴利的開發商造成直接打擊。同時，土地增值稅征收周期的縮短也使得開發商資金緊張，無力大規模囤積土地。
可以說，土地增值稅的強行征收，將導致房地產業發生大規模的產業調整。利用稅收政策壓縮房地產業的利潤空間，也表明產業政策意于抑制對該產業的投資，也就意味著國家實際否定了將房地產業作為支柱產業的政策傾向，轉而鼓勵民間資本投資實業。
從宏觀經濟角度看，對房地產業投資的抑制，實際是國家避免房地產泡沫化的政策選擇，因而其具有積極意義。
當然，土地增值稅在打擊房地產投資的同時，并不會起到抑制房價的作用，其對房價走勢的影響是復雜的。正面效果是，累進稅制會抑制囤積土地現象，增加可開發土地的供給，從而抑制地價。從負面效果看，土地增值稅可能從兩個方面刺激房價繼續走高。一個是直接影響，即開發商為了維持高額利潤，進行稅收轉嫁，進而提升房價。另一個是間接影響，即開發商由于繳稅而導致資金緊張，使得總體開發項目減少，市場供給下降，短期出現供不應求的局面。因而，如果要穩定房價，則還要出臺抑制需求的相關政策，包括提高按揭首付比例、提高利率、征收物業稅等。
土地增值稅的征收實際傷到了房地產業里的中小企業，并將促成該產業的結構調整。而如果國家沒有繼續推出抑制需求的相關政策，那么稅收政策的執行將促使房價進一步提高，進而傷到購房人的利益。
但不管政策的短期負面效果如何，對于中國經濟而言，這多少是一劑苦口的良藥。
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