西沙珊瑚礁生態監控區生態系統處于亞健康狀態。水環境狀況良好，各項指標均符合第一類海水水質標準。珊瑚礁生態系統明顯退化，從2007年開始活珊瑚蓋度急劇下降，死珊瑚蓋度急劇增多。2009年平均活造礁石珊瑚蓋度僅為7.9%，比2005年減少了57.2%。死造礁石珊瑚蓋度高達72.9%，比2005年增加了68.2%。硬珊瑚補充量逐年下降，從2006年開始西沙珊瑚補充量下降越來越明顯。2009年，硬珊瑚補充量低，比2005年顯著減少。珊瑚礁魚類數量也顯著下降。
2004～2009年西沙活造礁石珊瑚蓋度年際變化
造成西沙珊瑚礁生態系統退化的人為因素主要是破壞性捕撈作業、過度捕撈、非法捕撈、非法采挖珊瑚和港口建設。而自然因素主要為生物侵害和臺風。2009年調查發現長棘海星在永興島南部大量集聚，對該海域珊瑚礁造成破壞。臺風期間，西沙群島附近海面出現巨浪和風暴潮，不僅直接破壞活珊瑚和珊瑚附著基地，還對水質環境造成影響，對珊瑚礁生態系統有明顯影響。
2004～2009年西沙長棘海星數量年際變化
長棘海星侵害珊瑚礁
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