5.1 南海區生態監控區健康狀況
大亞灣生態監控區生態系統處于亞健康狀態。水環境狀況一般，91%站位的活性磷酸鹽含量和6%站位的無機氮含量超第一類海水水質標準，局部海域pH超第二類海水水質標準，部分海域溶解氧超第四類海水水質標準。與往年相比，近三年水體中活性磷酸鹽含量偏高，硅酸鹽含量偏低，其它因子基本穩定。沉積物質量狀況總體良好，但局部海域沉積物石油類含量超第一類或第二類海洋沉積物質量標準。部分生物體內鉛、砷、鎘、六六六和多氯聯苯殘留水平超第一類海洋生物質量標準。生物群落結構狀況一般，浮游植物密度偏低。底棲生物密度偏高，生物量正常，多樣性水平偏低。大亞灣核電站運行過程中溫排水和余氯的排放對大亞灣生態系統造成了一定威脅，而將要投入使用的濱海火電廠以及新核電站的建設加大了溫排水和余氯的潛在威脅。
大亞灣沿海岸線由于圍海造地、海水養殖、碼頭舶位等因素，造成約8%的海岸帶完全改變了屬性。大亞灣北部化工基地所圍筑的海堤向海延伸了近1公里。大鵬半島港區擴容和馬鞭洲島的開發導致大鵬半島和馬鞭洲島自然岸線基本不復存。大亞灣沿岸天然的紅樹林面積稀少，已不成林。但人工紅樹林面積有所增加，且長勢良好。
1986年大亞灣北部岸線 2009年大亞灣北部岸線
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