珠江口生態(tài)監(jiān)控區(qū)生態(tài)系統(tǒng)處于不健康狀態(tài)。水體富營養(yǎng)化嚴(yán)重，83 %站位無機(jī)氮含量超第四類海水水質(zhì)標(biāo)準(zhǔn)，17%站位活性磷酸鹽含量超第四類海水水質(zhì)標(biāo)準(zhǔn)，深圳灣附近海域受活性磷酸鹽污染最嚴(yán)重。部分水體底層溶解氧含量偏低，30%以上站位底層溶解氧超第四類海水水質(zhì)標(biāo)準(zhǔn)，主要位于虎門附近海域。沉積環(huán)境質(zhì)量總體一般，約40%站位銅和砷含量超第一類海洋沉積物質(zhì)量標(biāo)準(zhǔn)。部分生物體內(nèi)鉛超第三類、石油烴超第二類、鎘和砷超第一類海洋生物質(zhì)量標(biāo)準(zhǔn)。生物群落結(jié)構(gòu)狀況一般，浮游植物密度偏高，底棲生物生物量偏低。魚卵和仔、稚魚密度偏低。
與往年相比，水體無機(jī)氮含量仍維持在高水平，活性磷酸鹽含量上升。沉積物中銅含量顯著升高。生物體內(nèi)污染物含量基本不變。生物群落基本穩(wěn)定。魚卵和仔稚魚主要為經(jīng)濟(jì)價(jià)值低的種類，經(jīng)濟(jì)價(jià)值高的種類密度下降。中華白海豚死亡數(shù)量創(chuàng)近年來新高，全年發(fā)現(xiàn)異常死亡22頭，死因包括海上船只撞擊，水下爆破沖擊，漁網(wǎng)纏繞，環(huán)境惡化導(dǎo)致患病以及天氣惡劣導(dǎo)致幼體與母體分離等。珠江口海岸線不斷向海延伸，深圳、珠海和廣州南沙地區(qū)成為圍填海的重點(diǎn)區(qū)域，天然岸線逐漸被平直的人工岸線取代。
紅樹林在深圳福田、香港米埔－后海灣濕地和珠海淇澳島保護(hù)區(qū)內(nèi)得到了較好的保護(hù)，人工恢復(fù)重建效果良好。其中，珠海淇澳紅樹林保護(hù)區(qū)成為全國人工種植連片面積最大的紅樹林。但個(gè)別紅樹林中的本土樹種受到外來樹種入侵，如后海灣紅樹受到海桑和無瓣海桑兩種入侵樹種的威脅。
雷州半島西南沿岸生態(tài)監(jiān)控區(qū)生態(tài)系統(tǒng)處于亞健康狀態(tài)。水環(huán)境狀況符合第一類海水水質(zhì)標(biāo)準(zhǔn)。沉積物狀況良好。部分生物體內(nèi)鎘超第一類海洋生物質(zhì)量標(biāo)準(zhǔn)。生物群落結(jié)構(gòu)狀況一般，浮游植物種類數(shù)為77種，較2007年減少了42種，但密度偏高。底棲生物種類偏少，棲息密度和生物量偏低。魚卵和仔稚魚密度偏低。與往年相比，浮游植物種類數(shù)下降，密度顯著升高。底棲生物種類數(shù)仍處于低水平，但生物量有所上升，魚卵和仔稚魚密度逐年下降。
徐聞珊瑚礁狀況較差，蓋度逐年下降，死亡率上升，其中水尾角活珊瑚的平均蓋度從2004年的40％下降至2009年的14％，放坡珊瑚的平均死亡率達(dá)到60%以上。珊瑚礁出現(xiàn)少量白化現(xiàn)象。珊瑚群落結(jié)構(gòu)發(fā)生改變，優(yōu)勢(shì)種由秘密角蜂巢珊瑚轉(zhuǎn)變成對(duì)沉積物耐受力較強(qiáng)的二異角孔珊瑚。珊瑚生長受到大量絮狀沉積物覆蓋和底質(zhì)軟化的影響。
廣西北海生態(tài)監(jiān)控區(qū)水環(huán)境狀況良好，符合第一類海水水質(zhì)標(biāo)準(zhǔn)。珊瑚礁生態(tài)系統(tǒng)處于健康狀態(tài)。潿洲島竹蔗寮和牛角坑近岸海域的硬珊瑚蓋度高，年際變化不大，珊瑚礁健康狀況良好，繼續(xù)保持穩(wěn)定狀態(tài)。但個(gè)別區(qū)域受到較嚴(yán)重的人為影響，活體珊瑚礁減少。
紅樹林生態(tài)系統(tǒng)處于健康狀態(tài)。山口紅樹林自然保護(hù)區(qū)紅樹林面積基本不變，本地樹種未出現(xiàn)退失。紅樹林及其生物多樣性得到較好的保護(hù)，和尚蟹、沙蠶、裸體方格星蟲等環(huán)境敏感指示生物大量繁殖。紅樹林群落種類多樣性和生境完整性保持良好，一些受寒害的紅樹林群落正在恢復(fù)。保護(hù)區(qū)的主要生態(tài)問題是紅樹林蟲害問題和互花米草入侵。2009年紅樹林蟲害較往年減輕，紅樹林害蟲主要是廣州小斑螟和廣翅臘蟬。互花米草和無瓣海桑依然是主要的外來入侵種，入侵面積增大。1至9月共統(tǒng)計(jì)到各種鳥類數(shù)量比往年減少，但近年來首次在保護(hù)區(qū)內(nèi)觀測(cè)到14只小天鵝。
海草床生態(tài)系統(tǒng)處于亞健康狀態(tài)。下量尾草場(chǎng)得到一定恢復(fù)和發(fā)展，長勢(shì)較好，草場(chǎng)面積約22公頃，群落為喜鹽草單生，恢復(fù)的原因是附近貝類養(yǎng)殖場(chǎng)荒棄從而消除了最主要的人為破壞因素。英羅草場(chǎng)面積僅有3.5公頃，群落為喜鹽草單生。英羅草場(chǎng)長期受挖掘沙蟲、耙螺、電魚、電蝦等人為活動(dòng)的干擾，生長狀況不良。
北侖河口生態(tài)監(jiān)控區(qū)生態(tài)系統(tǒng)處于健康狀態(tài)。水環(huán)境和沉積環(huán)境質(zhì)量總體良好，自2005年以來基本不變。浮游植物密度偏高，底棲生物生物量一般。紅樹林群落穩(wěn)定，整體長勢(shì)良好；但4至8月桐花樹遭受蟲害，主要害蟲是廣州小斑螟。記錄紅樹林鳥類63種，其中黑翅鳶、紅隼、褐翅鴉鵑、小鴉鵑屬國家二級(jí)重點(diǎn)保護(hù)鳥類。蟲害是威脅北侖河口紅樹林健康的主要因素。
海南東海岸生態(tài)監(jiān)控區(qū)水環(huán)境總體良好，除珊瑚礁區(qū)內(nèi)局部海域溶解氧屬于第二類海水水質(zhì)外，其余指標(biāo)符合第一類海水水質(zhì)標(biāo)準(zhǔn)。沉積物環(huán)境質(zhì)量一般，部分區(qū)域硫化物超過第二類沉積物質(zhì)量標(biāo)準(zhǔn)。
海南東海岸珊瑚礁生態(tài)系統(tǒng)處于健康狀態(tài)。造礁珊瑚和珊瑚礁魚類種類豐富，均超過80種。蜈支洲島、長圮港外緣礁坪和亞龍灣東排斷面珊瑚礁生態(tài)系統(tǒng)保持完好，活造礁石珊瑚平均蓋度和硬珊瑚補(bǔ)充量高。大東海、小東海和西島礁區(qū)珊瑚生長狀況也較為良好。但銅鼓嶺區(qū)、長圮港礁坪內(nèi)緣、龍灣、亞龍灣西排斷面和鹿回頭沿岸珊瑚礁區(qū)出現(xiàn)退化，造礁石珊瑚平均蓋度低于15%，銅鼓嶺區(qū)軟珊瑚大量出現(xiàn)，亞龍灣西排斷面死珊瑚平均蓋度偏高。造成退化的因素包括：破壞性漁業(yè)活動(dòng)、污水排放、周圍海域的工程修建和長棘海星侵害等。
海草床生態(tài)系統(tǒng)處于健康狀態(tài)。海草群落基本穩(wěn)定，共分布有8種海草。其中以泰萊藻和喜鹽草密度最高，海菖蒲和小喜鹽草密度最低。生物量則以海菖蒲最高，其次是泰萊藻，其余種類生物量偏低。海草床內(nèi)大型底棲生物以軟體動(dòng)物為主。監(jiān)控區(qū)內(nèi)的海水養(yǎng)殖活動(dòng)、捕撈作業(yè)、船只停泊、海岸帶開發(fā)活動(dòng)和污水排放等是海草床受到的主要威脅。
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