(二)落實征地補償安置和被征地農民社會保障政策中存在的問題。
一是少數城市拖欠、出借征地補償資金5.61億元。其中，拖欠4.44億元，出借1.17億元。
二是少數城市欠收、挪用被征地農民社會保障資金51.17億元。至2006年底，尚欠收25.97億元，累計出借的18.70億元中有2.63億元未收回，委托金融機構投資理財的6.50億元有5.50億元中未收回。
另外，截至2007年9月底，11城市中尚有3城市未按照國務院有關要求制定被征地農民社會保障制度。
(三)土地出讓管理中存在的問題。
一是違規協議出讓130宗共689.88公頃經營性用地。按照監察部和國土資源部有關規定，自2002年7月1日起各類經營性用地必須采用招拍掛方式出讓，對于此前市、縣政府已進行了前置審批或者已與開發商簽訂書面項目開發協議的經營性用地，作為歷史遺留問題可在2004年8月31日(以下簡稱“8.31”)前繼續以協議方式出讓，之后不得再以歷史遺留問題為由采用協議方式出讓經營性用地。然而，有的城市將不屬于“歷史遺留問題”的經營性用地作為“歷史遺留問題”的經營性土地在“8.31”之前予以協議出讓；有的城市在“8.31”之后仍以“歷史遺留問題”、招商引資和舊城改造等為由或將出讓合同日期倒簽為“8.31”之前協議出讓經營性用地。
二是“以租代征”農民集體土地1541.05公頃建高爾夫球場和別墅。如有的地方租用農民集體土地并違反《國務院辦公廳關于暫停新建高爾夫球場的通知》的規定于2004年1月后開工建設高爾夫球場。有的用地單位以建設生態農業名義租用農民集體土地修建別墅向社會銷售。
(四)土地儲備貸款發放和使用中存在的問題。
一是有的土地儲備貸款抵押物不實，有的土地儲備機構貸款金額過大而還貸能力不足。
二是土地儲備貸款被挪作他用。一些城市的土地儲備機構將主要以貸款方式取得的土地儲備資金共142.36億元用于股權投資、出借和市政設施建設等。
三、審計建議
針對這次審計調查發現的主要問題，審計署建議：一是有關地方政府應進一步采取措施加強出讓金及土地供應管理。全面落實經營性用地招拍掛出讓制度，嚴格執行國家規范土地出讓收支管理政策規定，清理欠收的出讓金，停止以各種理由減免或變相減免出讓金；將土地出讓收支全額納入地方預算管理，接受同級人大監督；嚴肅查處“以租代征”農民集體土地建設高爾夫球場、別墅，以及擠占挪用出讓金等違法違規行為。二是金融監管部門和金融機構應加強土地儲備貸款管理，控制貸款風險。金融監管部門應參與確定土地儲備機構的貸款規模，實施總量控制；各金融機構應加強對土地儲備機構貸款、償還能力和擔保機構擔保能力的審核，審慎發放土地儲備貸款，同時應加強對儲備貸款的用途監控。三是有關部門和地方政府應充分重視、積極探索、進一步加強被征地農民社會保障工作。尚未建立被征地農民社會保障制度的地方，應按照國務院要求盡快建立這項制度，將被征地農民納入相應保障范圍；已建立這項制度的地方，應繼續完善保障機制，合理確定保障水平。各地應切實加強對被征地農民社會保障資金收支情況的監管，確保資金足額落實、合規使用。
四、審計調查發現問題的整改情況
對審計調查發現的問題，有關地方政府高度重視，已經或正在采取措施進行整改。一是積極整改違法違規問題。截至2008年1月底，11城市已收回被挪用、出借、返還和欠征的出讓金68.27億元，收回被挪用、欠收的征地補償資金和被征地農民社會保障資金2.93億元，歸還被挪用的土地儲備貸款9.72億元，有的城市還收回了部分違規出讓的土地。二是規范出讓金管理。有的城市已將未按規定納入財政管理的出讓金納入財政管理、將土地出讓凈收益納入基金預算管理。三是進一步完善制度。大部分城市還結合整改，制定和修改了土地出讓收支管理實施細則、征收集體土地補償安置辦法等制度。
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