2006年，日本對華投資企業數、合同外資金額和實際投入金額都有所下降。2006年日商在華投資新設立企業2590家，合同外資金額為99.08億美元，實際投入外資金額45.98億美元，與2005年相比，分別減少20.77%、16.88%和29.58%。2006年日商新設外商投資企業、合同外資金額和實際投入外資金額分別占全國同期吸收外資總量的6.25%、5.11%和7.3%。
另外，日本還通過維爾京群島、開曼群島、薩摩亞和毛里求斯四個自由港在內地投資新設立企業11個，實際外資額0.45億美元。以實際使用外資金額計，2006年日本對華投資(45.98億美元)位居第3位，位于香港特別行政區(202.33億美元)和歐盟（54.14億美元）之后。
截至2006年底，日本在華投資累計設立日資企業37714家，合同外資金額884.78億美元，分別占全國累計批準設立外商投資企業數和合同外資金額的6.34%和5.98%，比2005年分別下降0.01和0.13個百分點，而日本在華實際投入外資金額579.73億美元，占全國累計實際使用外資金額總量的8.46%，比2005年提高了0.05個百分點。到2006年為止,以實際使用外資累計金額計算，日本對華投資位居第2位，僅次于香港特別行政區(2797.55億美元)，位次與2005年持平。
（一）日商在華投資分領域情況
2006年日商在我農林牧漁領域新設立企業34家，合同外資金額0.16億美元，實際投入外資金額0.24億美元，分別占日商對華投資新設立企業數、合同日資金額、實際投入日資金額總量的1.31%、0.17%、0.52%。
同期，日商在制造、采掘和能源生產供應領域新設立企業1513家，合同外資金額75.30億美元，實際投入外資金額34.01億美元，分別占日商對華投資新設立企業數、合同日資金額、實際投入日資金額總量的58.42%、76 %、73.98%。
同期，服務貿易領域新設立企業1043家，合同外資金額23.62億美元，實際投入外資金額11.73億美元，占日商對華投資新設立企業數、合同日資金額、實際投入日資金額總量的40.27%、23.83%、25.52%。以實際使用日資金額計，在服務貿易領域中位居前四名的行業依次是：租賃和商務服務業（66209萬美元）、批發零售業（14774萬美元）、居民服務和其他服務業（13323萬美元）和房地產業（8120萬美元 ）， 分別占全國同期吸收日資總量的14.4%，3.21%，2.9%和1.77%（圖5.5.1-3）。
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