溫家寶總理在《報告》中指出：我國經濟社會發展中仍然存在一些突出矛盾和問題。這主要是：
一、經濟增長的內生動力不足。在國際金融危機沖擊下，我國國內生產總值增速從2008年下半年起明顯下滑，到2009年第一季度下降到谷底，但從2009年第二季度起扭轉了下滑趨勢，開始逐季回升，走出了一個標準的V字形反轉，在全球率先實現經濟形勢總體回升向好。但經濟增長的內生動力仍然不足。因為經濟的回升主要是依靠政府實施了應對國際金融危機的一攬子計劃等政策發揮作用的結果，而社會投資意愿尚未明顯跟進，居民消費后勁亦感不足，進一步擴大內需難度加大，而外需的萎縮和低迷狀態又難以在短期內改變。
二、我國自主創新能力不強，部分行業產能過剩矛盾突出，結構調整難度加大。目前，總體上說，我國自主創新能力還不強。我國已有近200種產品的產量位居世界第一，但具有國際競爭力的品牌卻很少。在出口產品中，擁有自主知識產權的品牌尚不到10%。由于我國出口產品大量是貼牌產品，處于國際產業分工價值鏈的低端，附加值很低，導致利潤大量流失。據統計，在我國出口的通訊、半導體、生物醫藥和計算機等高新技術產品中，外國公司獲得授權的專利數占到90%以上。在新興產業發展方面，我國總體上也缺乏核心技術和領軍人才。與此同時，我國部分行業產能過剩問題嚴重，而淘汰落后產能和兼并重組又面臨就業壓力大、體制機制不健全等制約。不僅一些傳統產業仍在盲目擴張，而且一些新興產業也出現重復建設傾向。
三、就業壓力總體上持續增加和結構性用工短缺的矛盾并存。一方面，從勞動力供求總量看，一定時期內仍處于供大于求的局面，城鎮新成長勞動力和高校畢業生的規模很大，農村剩余勞動力轉移的任務也還很大。另一方面，在就業上又存在著一定的結構性供不應求的用工短缺情況。2010年新春伊始，珠三角、長三角等沿海地區就出現了“用工荒”問題。據人力資源和社會保障部近期調查，東部沿海地區有70%被調查的企業存在“用工荒”。這一來是因為經濟回升向好，企業特別是沿海外貿企業的訂單增多，因此用工需求旺盛，更需要具有一定經驗和技能的熟練工、技術工；二來農民工特別是新生代農民工自身對工作選擇、生活待遇、未來前途等有了新要求。這就使得用工需求方與勞動供給方二者出現不匹配。
四、農業穩定發展和農民持續增收的基礎不穩固。一來，農田水利等基礎設施薄弱，農業抗災能力不強，農業生產受氣候變化的影響還很大；二來，農業科技推廣等社會化服務的基層體系尚不健全，其對農業生產的支撐不足；三來，糧食連續6年實現增產，糧食生產基數不斷提高，農業種養的比較效益又偏低，農產品價格下行壓力亦較大，糧食持續增收和農民持續增收的難度都在加大；四來，農村各項公共事業的發展還很滯后，工業化和城鎮化的快速推進也使統籌城鄉經濟社會發展出現一些值得關注的新情況和新問題，如保護耕地問題、保障農民權益問題、新生代農民工問題等。
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