2009年，國務院發布了《關于2009年深化經濟體制改革工作的意見》（國發〔2009〕26號）。各地區、各部門繼續把深化改革、建立健全有利于科學發展的體制機制放在重要位置，在應對國際金融危機的過程中，更加注重依靠改革來擴大國內需求，激發經濟恢復增長的活力和動力，一些重點領域和關鍵環節的改革取得了新突破。
——在完善所有制結構方面：中央企業調整重組步伐加快，企業戶數由2008年底的142家調整至2009年底的129家。建立規范董事會試點擴大到24家。電信體制改革深入推進，基礎電信企業資產和業務重組工作基本完成，3G牌照已經發放，并出臺了相關監管措施。國務院印發《關于進一步促進中小企業發展的若干意見》（國發〔2009〕36號），對擴大市場準入范圍、降低準入門檻作了進一步要求，提出了切實緩解中小企業融資難的各項措施。國務院印發《關于進一步深化化肥流通體制改革的決定》（國發〔2009〕31號），取消了化肥經營市場準入中對企業所有制性質的限制。
——在財稅體制改革方面：增值稅轉型全面實施，減輕企業負擔1200多億元。成品油價格和稅費改革順利推進，公路養路費等6項收費徹底取消，政府還貸二級公路取消收費工作有序展開。節能環保項目企業所得稅減免政策得到落實，同時，部分地區率先開展了二氧化硫和化學需氧量排污權有償使用和交易試點。
——在金融體制改革方面：國家開發銀行商業化轉型全面推進，已改造成股份制商業銀行。農業銀行股份制改革已完成財務重組和股份公司設立工作。中國進出口銀行、中國出口信用保險公司改革方案獲國務院通過。小額貸款公司試點在全國范圍內推開。新型農村金融機構試點擴大到全國31個省份。消費金融公司試點工作在北京等4個城市啟動。《關于進一步改革和完善新股發行體制的指導意見》發布實施，市場約束機制進一步完善。創業板市場正式推出，為自主創新及其他成長型企業開辟了新的融資渠道。跨境貿易人民幣結算試點在上海等5個城市展開。
——在價格改革方面：新的成品油價格形成機制規范運行，有關部門出臺了《石油價格管理辦法》，按新的成品油定價機制調整成品油價格，對保障國內成品油供應發揮了重要作用。出臺了電價調整方案，積極穩妥地推進電力用戶與發電企業直接交易試點，規范風電價格管理。積極推進水價改革，開展垃圾處理等環保收費改革試點。實施了化肥價格市場化改革方案，建立農資綜合補貼動態調整機制。
——在投資體制改革方面：有關部門修訂了《政府核準的投資項目目錄》，改進政府投資計劃下達方式，對中央補助地方的點多、面廣、單項資金少的項目，實行切塊下達的辦法，進一步調動了地方和部門的積極性。
——在社會保障和收入分配制度改革方面：黨中央、國務院對深化醫藥衛生體制改革作出部署，明確了2009年至2011年的階段性工作目標和5項重點改革任務。有關部門研究制定并組織落實改革意見及實施方案，出臺了15個配套文件，基本醫療保障制度建設和實施國家基本藥物制度、健全基層醫療衛生服務體系等重點改革有序推進。基本養老保險省級統籌基本實現，轉移接續辦法出臺。《國務院關于開展新型農村社會養老保險試點的指導意見》（國發〔2009〕32號）發布，試點各項工作穩步推進。國務院決定在境內證券市場實施國有股轉持，拓寬了社保基金的籌集渠道。有關部門出臺指導意見，對中央企業負責人薪酬管理作出了規范。事業單位績效工資制度在全國義務教育學校、公共衛生與基層醫療衛生事業單位開始實施。
——在農村改革方面：集體林權制度改革全面推開，15億畝確權到戶，占全國集體林地總面積的60%。這是繼農村土地家庭承包之后我國農村經營制度的又一重大變革。通過明晰產權、放活經營、加強扶持、搞好服務，改革對于促進農民增收、農業發展、生態改善的作用日益顯現。
——在全國綜合配套改革試驗方面：到2009年5月，各試驗區的改革試驗總體方案已全部獲國務院批準。上海浦東新區、天津濱海新區等綜合配套改革試驗區，按照中央關于新時期深化改革擴大開放的戰略部署，深入貫徹落實科學發展觀，在促進發展方式轉變、加快開發開放、統籌城鄉發展、推動“兩型”社會建設等方面，因地制宜開展改革試點，取得了積極進展。其中，成渝地區的農村產權制度改革、深圳市的大部門體制改革、上海浦東新區的現代金融服務體系和自主創新體系建設等，都對全國改革發揮了較好的示范借鑒作用。
此外，地方政府機構改革有序開展；事業單位分類改革試點穩步進行；文化、新聞出版體制改革進入全面推進階段；涉外經濟體制改革繼續深化。
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