六、監管及處罰
審批主管部門應于每年7月15日前總結本部門各審批單位上半年審批情況，報送財政部、海關總署、國家稅務總局；并于每年1月15日前總結上一年度免稅進口執行情況，報送財政部、海關總署、國家稅務總局。年度執行情況報告應分項說明審批單位，審批種源類別，審批數量，稅則號列，報關進口單位、數量、金額、免稅金額，以及進口種源最終用途等內容；并針對報關進口數量與核定免稅進口數量有較大差異的品種詳細說明原因。
財政部將會同海關總署、國家稅務總局和審批主管部門對免稅進口執行情況進行核查。
對超過核定計劃數量審批的審批單位，由審批主管部門對有關審批單位及有關審批人員予以書面通報批評。在有關審批單位未完成整改前，審批主管部門應暫停其免稅審批資格，財政部、國家稅務總局應暫停核定有關品種的免稅進口年度計劃，并在核定下一年度免稅進口計劃時扣減超批數量。
免稅進口種源用途應符合本辦法第三條“種源進口免稅條件”的規定，未經合理種植、培育（試種）、養殖或飼養不得轉讓。對違反規定的種源進口單位，按照有關規定處罰,并暫停其1年免稅進口資格;依法被追究刑事責任的種源進口單位,暫停其2年免稅進口資格。
七、實施細則
農業部、國家林業局根據本辦法規定商財政部、海關總署和國家稅務總局制定實施細則。
八、本辦法有效期為2009年1月1日至2010年12月31日。
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