位于山南扎囊縣，是寧瑪派（紅教）在前藏的一個主寺，由居美多杰創建于17世紀中葉。寺院坐西朝東，四面群山環抱，山青水秀，環境十分優美。面積約10萬余平方米，圍墻為多邊形。寺內主要建筑為祖拉康佛殿，坐西向東，高三層。底層為大經堂，面闊5間，進深6間，內有20根方柱，其中有兩根高5.5米的林柱通向二層。
經堂有一護法神殿，門框、門楣上繪有很多人頭，殿內墻壁上也繪滿了護法神像。這些神像全是多頭多臂，面目猙獰，看后使人毛骨悚然。供奉這類佛像是寧瑪派寺院和密宗扎倉的一大特點。按藏傳佛教的解釋，這些威赫忿怒的護法神靈，是寺院防御敵人和惡魔的守衛者，被稱為“護法神”。從藝術角度說，這種造型粗放、夸張的神靈形象，是西藏密宗藝術的表現，與原始的苯教藝術有著密切關系。
敏珠林寺注重研習天文歷算、醫學，并以文字書法優美而著稱。按以往慣例，由敏珠林寺選派精通歷史、佛學、藏文和醫藥、歷算的高僧，擔任設在布達拉宮內的僧官教師，另一部分人則到門孜康負責研究歷算和編寫修訂《藏歷年表》。
敏珠林寺出品的藏香配方講究，選料精致，幽香四溢，香味持久，具有多重藥用功效，被視為上乘佳品，享有盛譽。昔日僅提供僧俗貴族享用。
敏珠林寺的僧人可以娶妻生子，在寺主的繼承上以父子或翁婿傳承，并不完全取定在父子血統關系上。敏珠林寺在研究寧瑪派的歷史、教義等方面，具有十分重要的地方。
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