從芝加哥大學博士畢業后，林毅夫在美國耶魯大學經濟增長中心又進行了一年的博士后研究，這時世界銀行和加州大學伯克利分校都向他發出了邀請，但林毅夫都謝絕了，他選擇了回國。
主持人：結束了在美國的學習后，恐怕您還是要面對選擇。
林毅夫：確實我回來的時候有很多人反對，包括我的老師，而且也有工作機會，那為什么要回來？第一個，你沒有同行，沒有可以人可以跟你直接對話，幫助你、激發你思想的同行，因為我是當時第一個從國外學成回國的。第二個也沒有文獻，也沒有資料，你不知道別人在做什么，你也沒有辦法跟人家交流，那么你到中國來肯定是死了，能做出什么貢獻呢。可是我覺得我在芝加哥大學學到最好的就是說理論創新，是對新現象的直接了解，這是最重要的前提。
主持人：那個時候我們知道，在1986、1987年的時候，剛剛提出來的是有計劃的商品經濟，還根本就沒有確立這個社會主義市場經濟，可能你在西方所學到的一切關于市場經濟的理論，不見得能夠得到那么多人的認可？
林毅夫：這里面就關系到了在西方學到的是什么。如果你是學到現成的理論，然后接受他的結論，想拿這個結論到中國來應用的話，那可能就出現像你所講的不適用。但是如果你研究的你學到的是研究問題的方法，是一個工具，那么你就要看這套工具在美國研究問題，可能做的貢獻大，還是到中國來研究問題，可能做的貢獻大。那么我發現，這個答案非常明顯，在中國研究問題做的貢獻會大，一清二楚的，唯一的選擇就是回來。
主持人：如果當年你是繼續留在芝加哥大學做研究，離諾貝爾經濟學獎的榮譽也許會近一些？
林毅夫：我倒不覺得。這是可以講說這個不是一個人應該有的追求吧。
主持人：為什么？
林毅夫：因為這是別人的評價。
主持人：那你作為一名經濟學研究者，您有沒有計劃說，它也是我的目標之一？
林毅夫：我想不會，更重要的就是我們提出的理論能不能解釋現象，能不能推動社會進步這是最關鍵的。你如果提出這樣一個理論，能夠對億萬人有幫助，不得獎內心的滿足還是挺大的。
主持人：但如果說，你做出來的研究被他們認可了這是另外一回事？
林毅夫：那是另外一回事，我當然也不會反對，但是絕對不會是追求的目標。
1987年，林毅夫回到國內，在國務院農村發展研究中心發展研究所擔任副所長，他直接進入影響到中國政府高層決策的研究核心。
主持人：為什么最后會選擇到國務院的一個研究中心？
林毅夫：回到國內來，有兩種選擇，一種是到學校，一種是到政府研究部門去，那么其實我回國之前我跟很多單位寫信，說我很想回國，那基本沒有接到任何回應。
主持人：你都給哪個單位寫過信？
林毅夫：基本有大學，也有其他社科院，還有其他的政府部門寫信。
主持人：我覺得挺難想像的，為什么一個芝加哥大學的博士留學生回來，居然沒有回音。
林毅夫：因為他們很難想像我會回來。但是我想如果只要我回來就會有人要，回來以后，果然就很多單位就都張開雙手歡迎。后來我其實選擇是到國務院發展研究中心去，因為那是直接研究改革發展的問題，那么對現象的把握，對問題的把握是在第一線的。可是當時我也在北大有兼課，所以也沒有離開北大。
主持人：那段時間你主要的研究領域是什么？
林毅夫：開始當然從農村問題作為主要切入點，研究農民的問題，研究農村生產力發展的問題，研究農村金融發展的問題，農村勞動力轉移的問題。但是后來這個問題研究就越來越廣了，發現中國農民問題的解決其實不是在農村內部而已，還要整個國民經濟的發展
主持人：學習的全都是西方的一些規范的經濟學理論，然后到農村去做研究，有沒有覺得不適應的地方？
林毅夫：這里面牽扯到就是說你帶的是什么，你帶的是觀察問題的方法，還是帶的西方的理論去套，如果你帶著觀察問題的方法，那就這個工具應該講起來哪個地方都適用，中國有句話，送你一條魚，是給一條魚呢，還是教他怎么去釣魚，怎么去捕魚，那我比較幸運的是，我一直學的是這種去捕魚的方法，而不是接受一條魚回來享用的辦法。
從1987年到1994年，林毅夫在國務院的研究機構中工作了七年，這期間，他對中國發展轉型中遇到的諸多問題如農村問題、糧食問題、通貨膨脹問題等都進行了研究，并將研究的成果作為政府高層決策的參考。
主持人：你希望看到自己提出來的一些對現象的分析解釋之后，被政府所采納嗎？
林毅夫：我作為學者就是建言獻策，能不能夠采納，能夠采納最好，不能采納繼續說嘛，只要你覺得它是對的。
主持人：你會把它如實的向決策者去報告嗎，還是說要考慮到他們能接受哪一點，不能接受哪一點然后我再潤色一下？
林毅夫：基本沒有考慮這樣，因為我一般結合的都是實際問題，解決實際問題。主持人：在學者和政治之間沒有什么障礙？
林毅夫：我覺得一個非常好的學者跟一個非常好的決策者，他的思維方式是一樣的，一個好的學者看問題不是拿現成的理論出發，帶著這樣的一個眼鏡看問題，一個好的學者要研究問題，一定是不帶任何理論，先直接看問題是什么，那么一個好的決策者，他必須解放思想，他必須實事求是。
主持人：這七年的時間，你最大的收獲是什么？
林毅夫：我想最重要的還是對中國問題的全方位的掌握。其實有很多問題有共同的原因，這里面其實很多道理其實是相通，比如說現在生物學里面講細胞的基因是一樣的，雖然它表現不一樣，有的是頭發，有的是眼睛，有的是皮膚，但是每個細胞你仔細研究，它的基因是相同的。那么其實研究中國問題也是這樣子，它這個問題的表現方式也不一樣，但是你如果把每個問題都研究清楚了，你發現它的背后的原因是一致的。
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