我國的水能資源主要集中在西部。地處長江上游的金沙江、雅礱江、大渡河流域被稱為三江流域。目前，國家在三江干流規劃了總裝機容量達1.27億千瓦的水電建設項目，其中金沙江干流規劃的裝機容量超過7500萬千瓦；雅礱江干流規劃的裝機容量為2856萬千瓦；大渡河干流規劃的裝機容量為2340萬千瓦；建成和在建的項目有二灘、龔嘴、溪洛渡、向家壩等10余座水電站。三江干流的水電規劃項目若全部建成，將意味著全國1/3以上的可開發水能蘊藏量得到開發。
水能資源的輸出并未使三江流域的經濟社會發展與全國同步。雖然三江流域為國家經濟社會發展輸出了大量的水能資源，當地的生態環境也因此受到破壞，但自身并沒有因此得到快速發展。2006年，三江流經的四川甘孜、阿壩、涼山這3個少數民族自治州，人均GDP只有8244元，僅為全國平均數的l／2強。
成都電子科技大學教授吳正德說，在三江流域水能資源不斷被轉化為下游地區經濟效益的同時，本地區的經濟社會發展卻依然十分落后。吳正德建議，在國家即將實施水能資源有償使用制度時，應首先考慮在三江流域進行試點，使積累的經驗更具全局性，推動科學合理的能源及資源利用體系的建設。
吳正德認為，三江流域通過輸出水能資源有償使用也可以從全局上減輕對環境的污染。三江流域水能資源輸出能夠減少燃煤量，降低有害氣體的排放量。僅溪洛渡一座水電站代替火電，每年就可減少燃煤4100萬噸，降低二氧化碳排放量約1.5億噸、二氧化氮排放量近48萬噸、二氧化硫排放量近85萬噸。
吳正德告訴記者，三江流域貧困落后的狀況之所以如此嚴重，其原因除自然、歷史等因素外，缺乏科學合理的能源和資源利用體系，致使水能等生態資源被無償或廉價使用也是重要因素。首先，水電站建成運營后，企業所得稅的60%歸中央財政，其余40%納入企業注冊地各級財政。其次，由于水電開發企業一般都在注冊地貸款，水能資源輸出地銀行和政府幾乎得不到收益。再次，水電項目從規劃到開工，往往都要經過數十年的間隔期。不僅國家不在當地安排其他投資項目，企業投資也裹足不前，導致當地經濟發展長期停滯。除此之外，對移民的補償標準偏離實際。大中型水電站所發電力都并入省級以上電網，在當地沒有下載卡口和通道，當地缺電農牧民享受不到電力供應，無法提高生活質量。
吳正德說，三江流域實施各類生態環境保護工程建設以來，有效阻止了水土流失，減少了自然災害。如，地處大渡河流域的漢源縣2000年全縣水土流失年侵蝕模數高達756萬噸，每年傾入大渡河的泥沙多達170萬噸。經過7年治理，該縣每年傾入大渡河泥沙數量已減少60％以上。目前，三江流域大部分地區生態環境已進入治理大于破壞的階段，對水能資源的科學合理利用將產生積極作用。
對于建立水能資源生態效益補償試點，吳正德建議說，首先應對該地區水能資源的出讓權、出讓費、開發權進行明確，明確補償資金的出資主體和受益主體。適當降低中央財政的稅收比例；對于水能資源價款和水能資源權利金，應由各級政府根據河流管轄權收取。
其次，設立三江流域水能資源稅，作為級差水能資源租金，根據資源的優劣對水電站的超額利潤進行調節，按級差收益征稅。根據水電站的單位投資成本和水量、水頭大小確定起征點和累進稅率，作為地稅由地方政府征收。對于在三江流域征收的這部分經費，應將其納入財政預算，主要用于移民區、庫區的基礎設施建設、公共服務、扶貧開發和環境保護。
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