除了衛生資源存在的城鄉差距外，農村衛生資源利用率也低于城市。2006年縣及縣以上醫院綜合病床使用率為72.4％，而主要為農民服務的鄉鎮衛生院則僅有42.2％ 。在中國，兒童免疫和傳染病預防主要由疾控中心負責。2003年第三次國家衛生服務調查顯示，城市疾控中心占有的資源是農村疾控中心的5.9倍，政府對城市疾控中心的財政投入是對農村疾控中心財政投入的7倍多。
飲用水安全是影響發展中國家居民健康狀況的重要因素。根據第三次國家衛生服務調查，中國2003年大、中城市自來水普及率已達到100%，一些小城市的自來水普及率也達到了90%；在農村，2003年自來水的普及率僅為34%（見圖）。農村飲用水條件明顯隨收入水平而變化。在一類農村，使用不安全水源的農村居民少于8%，但在三類農村，這一比例是一類農村的近3倍，而四類農村則有一半以上人口無法獲得安全飲用水。
圖 2003年中國城鄉用水安全情況（%）
數據來源：饒克勤, 2007。
近幾年來，農村加快了改水的步伐：到2006年，農村自來水普及率為61.1% ，距離完全普及還有很長的路要走。在改廁方面，2006年底全國已建成各類衛生廁所 1.4億個，但只夠全國55％的農戶使用 。
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