中國公共衛生和基本醫療體制正在重建過程中。盡管取得一系列巨大成就，但仍有一些主要問題需要解決：
（1）投入不足。盡管從2000年以后，政府預算衛生支出占衛生總費用的比例逐年有所增加，政府承擔了更大的衛生醫療支出責任,但政府的衛生支出仍然不足，不到GDP的1%。 與國際標準比較，這個比例較低。根據世界衛生組織發布的《世界衛生報告2006》提供的數據，中國在政府衛生支出占GPD的比重方面，在196個國家中排156位。雖然排位靠前的國家都是高收入國家，但許多低收入國家都排在中國前面。
（2）個人醫療衛生支出負擔仍然過重，分擔比例仍然過高。盡管政府衛生支出在衛生總費用中的比例一直在增長，但增長速度難以抵消藥品和醫療價格的增長，導致家庭醫療費用支出占家庭總支出比例的不斷攀升(見圖2.4的國際/跨區域比較)。1995年城鎮居民家庭平均每人醫療衛生消費占生活消費支出的3.11%，2005上升為7.56% 。1995年農村居民家庭人均醫療衛生消費占生活消費支出的4.9%，2005年上升到6.6% ，另一方面，盡管最近幾年個人衛生支出占衛生總費用的比例已經從2000年的59%下降到2006年的49.8%，但對中低收入群體而言仍然不堪重負。
（3）資源配置失衡。突出表現在，以2005年為例，占總人口60%的農村人口僅享有25%的公共衛生資源 。如前面表2.4所顯示，2006年，城市居民同農村居民的人均衛生支出比率大約為3：1。
圖: 個人醫療費用支出國際/跨地區比較
(4) 利用效率不高。醫療服務設施的利用率不平衡 。2007年縣及縣以上醫院病床使用率為78.3%，鄉鎮衛生院只有48.5% 。醫療衛生體系機構重疊、部門分割、職責不清，公共衛生經費的支出效率不高。世界衛生組織認為，如果不繼續深化衛生醫療體制改革，僅靠增加投入解決不了看病難、看病貴的問題。世界銀行估計，如果消除鄉鎮衛生機構的冗員，其成本將降低40% 。
（5）重治療、輕預防。資源配置方式顯示醫療衛生模式傾向于治療支出，而不是預防性醫療保健和公共衛生。
（6）醫療衛生機構的監管體制尚不完善。中國目前的醫療衛生體系的復雜程度和多樣性與計劃經濟時代相比不可同日而語。政府在醫療衛生服務中的作用已經發生了根本性變化——從醫療衛生產品和服務的生產者轉變成了政策制定者和監管者。所以，政府的監管制度，包括規制標準和許可程序，都需要進一步完善，以保證藥品生產商和醫療服務提供機構都能合法合規地履行自己的職能。（摘自中國[海南]改革研究院撰寫的《中國人類發展報告》）
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