分部門而治時糾紛不斷，也承載著過高的成本，大部制是否能實現業務功能上的整合，任重而道遠
這似乎是一場無休止的戰爭。
城市化進程中的沖突
“這是對農民出行權的歧視。”
2007年9月16日，經過一年多的談判，濟南市公交總公司與濟南市歷城區(郊區)客運公司終于達成協議，濟南市公交總公司的公交車允許開出城，而“歷城客運”則退出公交營運市場。
在此之前，雙方的糾紛已經持續多年。
原因是濟南歷城區內大量道路為交通部門管轄，營運資格歸其下的屬“歷城客運”。但是隨著城市化進程加快，城市不斷擴大，城建部門下屬的濟南市公交總公司認為，歷城區已屬于市區范圍，公交車在市區范圍開線運營理所應當。
濟南市公交總公司的行為遭到了歷城客運的強烈的抵制，抵制方同樣振振有詞：多年來，歷城客運按交通客運行業管理要求繳納養路費、客運基金管理費、乘客保險費等，濟南公交若與其在相同線路上運營屬于“不公平”競爭。
雙方矛盾不斷升級，地方政府的協調也“想盡辦法”。譬如，在長清區至濟南市區、長清至章丘市公交化客運線路上實行公交公司與客運企業合營，抑制長清、章丘出租車進入濟南市區營運等等。濟南市交通局新聞發言人宮德勇說，“這是沒有辦法的辦法”。
濟南市歷城客運無奈地退出市場顯得有點冤，因為這并非純粹市場競爭的結果。交通部干部管理學院教授張柱庭分析稱，分屬兩個部門的城鄉二元結構交通管理，人為地劃分了“城市公交”和“道路運輸”兩種模式，直接造成了不公平的競爭，各地“打架”不斷。
分屬兩個部門管理帶給經營者的，不僅所承擔的稅費負擔不同，而且，兩個部門各自立法，又各自執法。發生在濟南的故事正是如此，城市公交、出租行業歸屬城建系統管理，濟南市區以外的縣鄉客運歸屬交通部門管理，但是城市在不斷擴張，原來的城鄉界限變得模糊，兩種公共客運間的矛盾沖突便開始凸顯，而在這種情形下，“道路運輸”票價明顯高于城市客運的票價。張柱庭說，這是對農民出行權的歧視。
受歧視的不僅僅是農民。成都大學位于成都市近郊石陵鎮，但市區到石陵鎮的公交車終點站距學校有一站多路的距離。為了將這一站的公交車延長到校門口，成都大學的老師們，包括很多人大代表、政協委員跑了一年多，這一站路怎么也沒有開過去。
原因同樣是，成都市內的交通是成都市政公用局承擔，城外的交通歸成都市交通局管——城里的公交車不能出城，郊區的車也不能到城里攬客。
同樣的故事在各地頻頻上演，地方政府疲于應對。2006年1月20日，成都市委、市政府撤銷交通局，組建交通委員會，將市交通局的全部職能、市政公用局的城市公共交通、客運、出租車、市公安局的交通技術規劃和安全設施規劃管理、市經委承擔鐵路、公路、郵政、通信航空等綜合運輸協調和物流行業管理等職能，都歸到了新交通委員會。成都市交通委員會的牌子旁，同時掛著成都市公共交通管理局的牌子。
“兩塊牌子一套人馬”的交通綜合管理，看似簡單了，但對于分割管理的交通局卻意味著一場轟轟烈烈的機構整合，成都市交委副主任涂智對媒體表示，“估計得鬧騰一陣子”。
終于，這次國務院機構改革方案，明確了包括公交、出租和地鐵的管理不再由建設部城建司交通處來進行管理，城市內外公路都歸交通運輸部管理，“城鄉二元結構”管理模式仿佛畫上了句號。交通部在回應《中國新聞周刊》記者的采訪時也表示，綜合運輸體系并非朝夕之間的事，人員調整將持續到6月份。
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