我國取消農業稅在政治、經濟上意義重大，現在面臨的一個普遍問題是，過去對農業稅依賴較大的廣大縣鄉陷入較嚴重的財政困難，中央財政的轉移支付遠不足以彌補缺口。深究內因，取消農業稅后，不少縣鄉財政之所以出現困難較大的新現象，很大程度上是老問題的暴露了。過去有農業稅，還可借機搭車收各種費用來養人養車養事，問題還能掩著；現在農業稅被取消了，也難再亂“搭車”了，各種矛盾一下就浮出水面。因此，要減緩財政壓力，縣鄉不能光“等靠要”，關鍵還是查找自身問題，想法子節約開支。
縣鄉應以取消農業稅為契機，加緊改革人、財、事，該合并的機構合并，該裁減的人員裁減，該管的饞嘴管住，該賣的公車賣掉，堅決把不該花的錢省下來用在刀刃上；同時切實轉變執政思想和執政方式，求真務實，從真正為群眾謀福利這個角度搞建設、促發展，堅決不再搞面子工程。
當然，在經濟落后地區，僅靠縣鄉自身還難以解決農田水利、醫療機構、文化設施等農村公共建設的資金短缺問題以及進一步發展的問題。除了中央和省級財政給予必要支持外，要調動發達城市和大企業（特別在主要靠壟斷獲得暴利的行業如石油、電信、電力、鹽業等）進行對口支援，并制定出具體方案。如今，城市反哺農村、工業支持農業已成為共識，并已提升到政策層面，靠著農村和農業作出的巨大犧牲“先富起來”的城市和工業理所當然應知恩圖報。
從長遠來看，落后地區縣鄉財政要走上良性循環之路，還須掃除一個較大的體制性障礙，這就是現在的市管縣制度。現在市級管理層級行政成本過高，一個中等地級市市級財政供養的人員一般在1萬人以上，一年一個市本級的財政支出要5億左右。此外，在目前財政轉移支付和分稅制的情況下，地級市成了“抽水機”，市里將財政收支的壓力層層分解到基層；為了建設本地區中心城市，又往往截留下轄縣的資金。這個問題不解決，難以從根本上克服落后地區縣鄉財政困難。考慮到現實國情，國家“十一五規劃”已提出，要在有條件的地方試行省直管縣。建議從現在開始，地級市市級所屬各機關單位原則上不再進新人，缺口就從市本級（如先從群眾機構）中補充，然后先易后難，逐步合并、裁撤各部門各單位，以逐步減輕市財對縣鄉的壓力，壯大縣域經濟的實力。
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