5.2 主要生態問題
水質污染 南海區近岸生態監控區主要位于珠江三角洲經濟區、廣西北部灣經濟區和海南國際旅游島（規劃）沿岸，污染壓力大，包括陸源污染、水產養殖污染和船舶污染等。陸源污染和水產養殖污染導致珠江口和大亞灣水體營養鹽比例失衡。珠江口富營養化嚴重，且無機氮、活性磷酸鹽污染面積仍有擴大的趨勢。南海區近岸生態監控區內沉積物受銅、鎘、砷、硫化物和石油類輕度污染，生物體受鉛、砷、鎘、石油烴、六六六和多氯聯苯輕度污染。其中珠江口沉積物銅污染有加重趨勢。南海區的珊瑚礁、紅樹林和海草床等典型生態系統也受到生活污水和養殖廢水直接排放的威脅。
2004～2009年珠江口無機氮和活性磷酸鹽屬于第四類或劣四類水質的站位比例（%）
典型生態系統退化 雷州半島西南沿岸徐聞珊瑚礁、海南東海岸珊瑚礁、西沙活珊瑚礁和廣西北海部分海草床生態系統出現退化。其中部分珊瑚礁生態系統出現蓋度下降、死亡率上升、白化、生長受抑制、優勢種轉變和珊瑚礁生物減少等退化現象。海草床生態系統退化的癥狀有草場面積縮小和植株低矮稀疏等。導致這些生態系統退化的因素包括水質惡化、破壞性漁業活動、捕撈作業、養殖活動、船只停泊、旅游業過度開發、海岸帶開發、海岸工程建設和污水排放等。另外，珠江口、雷州半島西南沿岸產卵場功能進一步衰退。
徐聞珊瑚礁自然保護區活珊瑚蓋度的年際變化
生態災害和氣候災害 蟲害、外來物種入侵和敵害生物侵害是南海區典型生態系統遭受的主要生態災害。其中，珠江口后海灣（香港）紅樹受到海桑及無瓣海桑兩種入侵樹種的威脅。廣西北海紅樹林生態系統受到廣州小斑螟和廣翅臘蟬的侵害以及互花米草和無瓣海桑的入侵。北侖河口紅樹林生態系統主要受到蟲害的威脅，2009年北侖河口紅樹林的蟲害明顯比2008年嚴重。海南東部及西沙珊瑚礁生態系統則受到天然敵害生物長棘海星侵害的威脅。另外，2008年初珠海淇澳保護區內超過3000畝紅樹林遭受寒潮災害。徐聞珊瑚礁和西沙珊瑚礁生態系統近年來頻繁受到熱帶風暴及臺風影響，退化加劇。
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