珠江口生態監控區 生態系統處于不健康狀態。水體富營養化嚴重，83 %站位無機氮含量超第四類海水水質標準，17%站位活性磷酸鹽含量超第四類海水水質標準，深圳灣附近海域受活性磷酸鹽污染最嚴重。部分水體底層溶解氧含量偏低，30%以上站位底層溶解氧超第四類海水水質標準，主要位于虎門附近海域。沉積環境質量總體一般，約40%站位銅和砷含量超第一類海洋沉積物質量標準。部分生物體內鉛超第三類、石油烴超第二類、鎘和砷超第一類海洋生物質量標準。生物群落結構狀況一般，浮游植物密度偏高，底棲生物生物量偏低。魚卵和仔、稚魚密度偏低。
與往年相比，水體無機氮含量仍維持在高水平，活性磷酸鹽含量上升。沉積物中銅含量顯著升高。生物體內污染物含量基本不變。生物群落基本穩定。魚卵和仔稚魚主要為經濟價值低的種類，經濟價值高的種類密度下降。中華白海豚死亡數量創近年來新高，全年發現異常死亡22頭，死因包括海上船只撞擊，水下爆破沖擊，漁網纏繞，環境惡化導致患病以及天氣惡劣導致幼體與母體分離等。珠江口海岸線不斷向海延伸，深圳、珠海和廣州南沙地區成為圍填海的重點區域，天然岸線逐漸被平直的人工岸線取代。
紅樹林在深圳福田、香港米埔－后海灣濕地和珠海淇澳島保護區內得到了較好的保護，人工恢復重建效果良好。其中，珠海淇澳紅樹林保護區成為全國人工種植連片面積最大的紅樹林。但個別紅樹林中的本土樹種受到外來樹種入侵，如后海灣紅樹受到海桑和無瓣海桑兩種入侵樹種的威脅。
雷州半島西南沿岸生態監控區 生態系統處于亞健康狀態。水環境狀況符合第一類海水水質標準。沉積物狀況良好。部分生物體內鎘超第一類海洋生物質量標準。生物群落結構狀況一般，浮游植物種類數為77種，較2007年減少了42種，但密度偏高。底棲生物種類偏少，棲息密度和生物量偏低。魚卵和仔稚魚密度偏低。與往年相比，浮游植物種類數下降，密度顯著升高。底棲生物種類數仍處于低水平，但生物量有所上升，魚卵和仔稚魚密度逐年下降。
徐聞珊瑚礁狀況較差，蓋度逐年下降，死亡率上升，其中水尾角活珊瑚的平均蓋度從2004年的40％下降至2009年的14％，放坡珊瑚的平均死亡率達到60%以上。珊瑚礁出現少量白化現象。珊瑚群落結構發生改變，優勢種由秘密角蜂巢珊瑚轉變成對沉積物耐受力較強的二異角孔珊瑚。珊瑚生長受到大量絮狀沉積物覆蓋和底質軟化的影響。
廣西北海生態監控區 水環境狀況良好，符合第一類海水水質標準。珊瑚礁生態系統處于健康狀態。潿洲島竹蔗寮和牛角坑近岸海域的硬珊瑚蓋度高，年際變化不大，珊瑚礁健康狀況良好，繼續保持穩定狀態。但個別區域受到較嚴重的人為影響，活體珊瑚礁減少。
紅樹林生態系統處于健康狀態。山口紅樹林自然保護區紅樹林面積基本不變，本地樹種未出現退失。紅樹林及其生物多樣性得到較好的保護，和尚蟹、沙蠶、裸體方格星蟲等環境敏感指示生物大量繁殖。紅樹林群落種類多樣性和生境完整性保持良好，一些受寒害的紅樹林群落正在恢復。保護區的主要生態問題是紅樹林蟲害問題和互花米草入侵。2009年紅樹林蟲害較往年減輕，紅樹林害蟲主要是廣州小斑螟和廣翅臘蟬。互花米草和無瓣海桑依然是主要的外來入侵種，入侵面積增大。1至9月共統計到各種鳥類數量比往年減少，但近年來首次在保護區內觀測到14只小天鵝。
海草床生態系統處于亞健康狀態。下量尾草場得到一定恢復和發展，長勢較好，草場面積約22公頃，群落為喜鹽草單生，恢復的原因是附近貝類養殖場荒棄從而消除了最主要的人為破壞因素。英羅草場面積僅有3.5公頃，群落為喜鹽草單生。英羅草場長期受挖掘沙蟲、耙螺、電魚、電蝦等人為活動的干擾，生長狀況不良。
北侖河口生態監控區 生態系統處于健康狀態。水環境和沉積環境質量總體良好，自2005年以來基本不變。浮游植物密度偏高，底棲生物生物量一般。紅樹林群落穩定，整體長勢良好；但4至8月桐花樹遭受蟲害，主要害蟲是廣州小斑螟。記錄紅樹林鳥類63種，其中黑翅鳶、紅隼、褐翅鴉鵑、小鴉鵑屬國家二級重點保護鳥類。蟲害是威脅北侖河口紅樹林健康的主要因素。
海南東海岸生態監控區 水環境總體良好，除珊瑚礁區內局部海域溶解氧屬于第二類海水水質外，其余指標符合第一類海水水質標準。沉積物環境質量一般，部分區域硫化物超過第二類沉積物質量標準。
海南東海岸珊瑚礁生態系統處于健康狀態。造礁珊瑚和珊瑚礁魚類種類豐富，均超過80種。蜈支洲島、長圮港外緣礁坪和亞龍灣東排斷面珊瑚礁生態系統保持完好，活造礁石珊瑚平均蓋度和硬珊瑚補充量高。大東海、小東海和西島礁區珊瑚生長狀況也較為良好。但銅鼓嶺區、長圮港礁坪內緣、龍灣、亞龍灣西排斷面和鹿回頭沿岸珊瑚礁區出現退化，造礁石珊瑚平均蓋度低于15%，銅鼓嶺區軟珊瑚大量出現，亞龍灣西排斷面死珊瑚平均蓋度偏高。造成退化的因素包括：破壞性漁業活動、污水排放、周圍海域的工程修建和長棘海星侵害等。
海草床生態系統處于健康狀態。海草群落基本穩定，共分布有8種海草。其中以泰萊藻和喜鹽草密度最高，海菖蒲和小喜鹽草密度最低。生物量則以海菖蒲最高，其次是泰萊藻，其余種類生物量偏低。海草床內大型底棲生物以軟體動物為主。監控區內的海水養殖活動、捕撈作業、船只停泊、海岸帶開發活動和污水排放等是海草床受到的主要威脅。
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