根據“三定”規定，國家發改委的內設機構有：
根據上述職責，國家發展和改革委員會設28個內設機構：
(一)辦公廳。
負責文電、會務、機要、檔案等機關日常運轉工作；承擔信息、安全保密、信訪、政務公開工作；承擔機關財務、資產管理、內部審計等工作。
(二)政策研究室。
起草重要文件；組織研究經濟社會發展、改革開放和國際經濟的重大問題；承擔新聞發布和信息引導等工作。
(三)發展規劃司。
提出國民經濟和社會發展戰略、規劃生產力布局的建議，提出國民經濟和社會中長期發展、總量平衡及結構調整的目標和政策；組織擬訂國民經濟和社會發展中長期規劃、全國主體功能區規劃，并對規劃實施情況進行監測與評估；提出推進城鎮化的發展戰略和重大政策措施；統籌協調經濟社會發展重大專項規劃和區域規劃。
(四)國民經濟綜合司。
監測分析宏觀經濟形勢和國際經濟發展變化，進行宏觀經濟和社會發展的預測預警；研究總量平衡，提出宏觀調控的目標以及運用各種經濟手段和政策的建議；開展宏觀調控政策評估；組織擬訂年度國民經濟和社會發展計劃；提出年度重要商品平衡的總量目標和相關政策建議；提出國家重要物資儲備政策建議，擬訂并協調國家重要物資儲備計劃；組織研究和提出國家經濟安全和總體產業安全戰略及政策建議。
(五)經濟運行調節局。
監測經濟運行態勢并提出相關政策建議；協調解決經濟運行中的重大問題，組織煤、電、油、氣及其他重要物資的緊急調度和交通運輸協調；組織應對有關重大突發性事件，提出安排重要應急物資儲備和動用國家物資儲備的建議。
(六)經濟體制綜合改革司。
研究經濟體制改革和對外開放的重大問題，指導推進和綜合協調經濟體制改革；組織擬訂綜合性經濟體制改革方案；參與研究和銜接委內司局及有關方面擬訂的專項經濟體制改革方案，協調推進專項經濟體制改革；指導經濟體制改革試點和改革試驗區工作；協調解決經濟體制改革進程中的重大問題。
(七)固定資產投資司。
監測分析全社會固定資產投資狀況，擬訂全社會固定資產投資總規模和投資結構的調控目標、政策、措施；起草固定資產投資管理有關法律法規草案；提出深化投資體制改革和修訂投資核準目錄的建議；安排中央財政性建設資金，按國務院規定權限，審核重大建設項目；指導工程咨詢業發展。
(八)利用外資和境外投資司。
綜合分析國際資本動態及利用外資和境外投資的狀況；提出利用外資和境外投資的戰略、規劃、總量平衡和結構優化的目標、政策，協調有關重大政策；承擔全口徑外債總量控制、結構優化和監測工作；會同有關方面組織擬訂國際金融組織、外國政府貸款規劃并提出重大備選項目；會同有關方面擬訂外商投資產業指導目錄；按國務院規定權限，審核外商投資重大項目、境外資源開發類重大投資項目和大額用匯投資項目。
(九)地區經濟司。
組織擬訂區域經濟發展規劃，提出區域經濟發展的重大政策；協調國土整治、開發、利用和保護政策，參與制定土地政策，參與編制水資源平衡與節約規劃、生態建設與環境整治規劃；組織實施主體功能區規劃；指導地區經濟協作；編制老、少、邊、窮地區經濟開發計劃和以工代賑計劃；協調落實促進中部地區崛起戰略、規劃和重大政策，提出重大項目布局建議并協調實施，推進中部地區內外協調合作和相關機制建設。
(十)西部開發司。
組織擬訂推進西部大開發的戰略、規劃和重大政策，協調有關重大問題；提出西部地區重點基礎設施建設、生態環境建設、重大項目布局等建議并協調實施。
(十一)東北振興司。
組織擬訂振興東北地區等老工業基地的戰略、規劃和重大政策，協調有關重大問題；提出老工業基地調整改造、資源型城市可持續發展、重大項目布局等建議并協調實施。
(十二)農村經濟司。
綜合分析農業和農村經濟發展情況，提出農村經濟發展戰略、體制改革及有關政策建議，協調農業和農村經濟社會發展的重大問題；銜接平衡農業、林業、水利、氣象等發展規劃、計劃和政策，提出重大項目布局建議并協調實施。
(十三)基礎產業司。
統籌能源、交通運輸發展規劃與國民經濟和社會發展規劃、計劃的銜接平衡；綜合分析能源和交通運輸運行狀況，協調有關重大問題，提出有關政策建議。
(十四)產業協調司。
綜合分析工業和服務業發展的重大問題，組織擬訂綜合性產業政策，研究提出綜合性政策建議；統籌工業、服務業的發展規劃與國民經濟和社會發展規劃、計劃的銜接平衡；協調重大技術裝備推廣應用和重大產業基地建設；會同有關方面擬訂服務業的發展戰略和重大政策，協調服務業發展中的重大問題。
(十五)高技術產業司。
綜合分析高技術產業及產業技術的發展態勢，組織擬訂高技術產業發展、產業技術進步的戰略、規劃和重大政策；做好相關高技術產業化工作,組織重大產業化示范工程；統籌信息化的發展規劃與國民經濟和社會發展規劃、計劃的銜接平衡；組織推動技術創新和產學研聯合；推動國民經濟新產業的形成。
(十六)資源節約和環境保護司。
綜合分析經濟社會與資源、環境協調發展的重大戰略問題；組織擬訂能源資源節約和綜合利用、發展循環經濟的規劃和政策措施并協調實施，參與編制環境保護規劃；協調環保產業和清潔生產促進有關工作；組織協調重大節能減排示范工程和新產品、新技術、新設備的推廣應用；承擔國家應對氣候變化及節能減排工作領導小組有關節能減排方面的具體工作。
(十七)應對氣候變化司。
綜合分析氣候變化對經濟社會發展的影響，組織擬訂應對氣候變化重大戰略、規劃和重大政策；牽頭承擔國家履行聯合國氣候變化框架公約相關工作，會同有關方面牽頭組織參加氣候變化國際談判；協調開展應對氣候變化國際合作和能力建設；組織實施清潔發展機制工作；承擔國家應對氣候變化及節能減排工作領導小組有關應對氣候變化方面的具體工作。
(十八)社會發展司。
綜合提出社會發展戰略，組織擬訂和協調社會發展規劃和年度計劃；協調人口和計劃生育、文化、教育、衛生、體育、廣播影視、旅游、政法、民政等發展政策；推進社會事業建設；協調社會事業發展和改革的重大問題。
(十九)就業和收入分配司。
綜合分析就業與人力資源、收入分配和社會保障的情況，提出促進就業、調整收入分配、完善社會保障與經濟協調發展的戰略和政策建議；推進相關體制改革，協調解決相關重大問題。
(二十)經濟貿易司。
監測分析國內外市場狀況，承擔重要商品總量平衡和宏觀調控相關工作；組織擬訂重要農產品、工業品和原材料進出口總量計劃并監督執行，根據經濟運行變化提出計劃調整建議；會同有關方面管理國家糧食、棉花、食糖等儲備；擬訂現代物流業發展戰略和規劃，協調流通體制改革中的重大問題。
(二十一)財政金融司。
研究分析全社會資金平衡；研究財政政策、貨幣政策和財政、金融體制改革等問題，分析財政政策和貨幣政策執行情況，并提出建議；提出直接融資的發展戰略和政策建議，按分工核準非上市公司發行企業(公司)債券，牽頭推進產業投資基金和創業投資的發展及制度建設。
(二十二)價格司。
監測預測價格總水平變動，提出價格總水平調控目標、政策和價格改革的建議；組織起草有關價格、收費方面的政策和法規草案；提出政府價格管理的范圍、原則、辦法和修訂政府定價目錄的建議；組織擬訂重要商品價格、收費政策和調整中央政府管理的商品價格及收費標準；組織重要農產品、重要商品和服務的成本調查。
(二十三)價格監督檢查司。
起草有關價格監督檢查法規草案和規章；指導價格監督檢查工作，組織實施價格檢查，依法查處商品價格、服務價格、國家機關收費中的價格違法行為，依法查處價格壟斷行為；按規定受理價格處罰的復議案件和申訴案件。
(二十四)法規司。
起草有關法律法規草案和規章；承擔機關有關規范性文件合法性審核工作；承擔相關行政復議、行政應訴工作；按規定指導協調招投標工作。
(二十五)外事司。
承擔與相關國際組織、外國政府部門及機構合作的有關事宜；協助有關司推進重大涉外項目；開展國際經濟調研；承擔機關日常外事工作。
(二十六)人事司。
承擔機關和直屬單位的人事管理、機構編制、隊伍建設等工作。
(二十七)國民經濟動員辦公室。
組織擬訂國民經濟動員規劃、計劃；研究國民經濟動員與國民經濟、國防建設的關系，協調相關重大問題；組織實施國民經濟動員有關工作；協調國民經濟平戰轉換能力建設。
(二十八)重大項目稽察特派員辦公室。
組織開展對重大建設項目的稽察；跟蹤檢查相關行業和地方貫徹執行國家投資政策和規定情況；組織開展對中央財政性建設資金投資安排實施情況的監督和檢查；對違規問題，按國家有關規定提出處理意見。
機關黨委 負責機關、委管國家局和在京直屬單位的黨群工作。
離退休干部局 負責機關離退休干部工作，指導直屬單位的離退休干部工作。
根據“三定”規定，國家發改委的人員編制是：
國家發展和改革委員會機關行政編制為1029名(含國家物資儲備局編制68名、兩委人員編制10名、援派機動編制4名、離退休干部工作人員編制116名)。其中：主任1名、副主任4名，司局級領導職數143名(含秘書長1名、副秘書長3名、國家物資儲備局領導職數5名、離退休干部局領導職數5名、機關黨委專職副書記3名、重大項目稽察特派員18名)。
根據“三定”規定，國家發改委的其他職責還有：
(一)管理國家糧食局、國家能源局。
(二)國家發展和改革委員會與國家能源局的有關職責關系。(1)國家能源局擬訂的能源發展戰略、重大規劃、產業政策和提出的能源體制改革建議，由國家發展和改革委員會審定或審核后報國務院。(2)國家能源局按規定權限核準、審核國家規劃內和年度計劃規模內能源投資項目，其中重大項目報國家發展和改革委員會核準，或經國家發展和改革委員會審核后報國務院核準。能源的中央財政性建設資金投資，由國家能源局匯總提出安排建議，報國家發展和改革委員會審定后下達。(3)國家能源局擬訂的石油戰略儲備規劃和石油戰略儲備設施項目，提出的國家石油戰略儲備收儲、動用建議，經國家發展和改革委員會審核后，報國務院審批。(4)國家能源局提出調整能源產品價格的建議，報國家發展和改革委員會審批或審核后報國務院審批；國家發展和改革委員會調整涉及能源產品的價格，應征求國家能源局意見。(5)核電自主化工作，在國家發展和改革委員會指導下，由國家能源局組織實施。
(三)國家物資儲備局作為國家發展和改革委員會管理的司局級機構，負責擬訂國家戰略物資儲備的戰略和規劃，組織國家戰略物資的收儲、動用、輪換和日常管理。
(四)國家發展和改革委員會、商務部會同有關部門建立外國投資者并購境內企業安全審查部級聯席會議制度。商務部負責統一受理并答復外國投資者并購境內企業申請。其中，屬于安全審查范圍內的并購行為，由外國投資者并購境內企業安全審查部級聯席會議進行安全審查；涉及新增固定資產投資的，按國家固定資產投資管理規定辦理；重大安全事項，召開部級聯席會議研究。
(五)國家發展和改革委員會負責編制重要工業品、原材料和重要農產品的進出口總量計劃，商務部負責在國家發展和改革委員會確定的總量計劃內組織實施。糧食、棉花、煤炭由國家發展和改革委員會會同商務部在進出口總量計劃內進行分配并協調相關政策。
(六)《外商投資產業指導目錄》由國家發展和改革委員會會同商務部等部門擬訂，國家發展和改革委員會與商務部聯合發布。
(七)國家發展和改革委員會、財政部、中國人民銀行等部門建立健全協調機制，各司其職，相互配合，發揮國家發展規劃、計劃、產業政策在宏觀調控中的導向作用，綜合運用財稅、貨幣政策，形成更加完善的宏觀調控體系，提高宏觀調控水平。
(八)中國機電設備招標中心、中國機電設備成套服務中心、中小企業對外合作協調中心(對外稱中國中小企業對外合作協調中心)劃給工業和信息化部管理。國家石油儲備中心劃給國家能源局管理。其他所屬事業單位的設置、職責和編制事項另行規定。
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