2007年-2009年為央企負責人第二業績考核任期。對于這一期間的薪酬管理，國務院國資委公布相關意見指出，要逐步構建企業負責人薪酬水平與經濟效益、業績考核密切聯系、適度增長，并與職工收入分配關系協調、差距合理的分配格局。此外，第二業績考核任期將進行央企負責人中長期激勵試點，相應辦法另行制定。
在第二任期，企業負責人基薪按已批復的2006年度基薪標準執行，任期內不再調整。基薪不作為績效薪金的計算基數。完善績效薪金計算基數的計算辦法，保持薪酬水平適度增長。
績效薪金計算基數仍每年進行核定，核定辦法在原基薪計算辦法的基礎上適當調整，增加效益指標并加大效益指標權重，各項經濟規模指標和企業平均工資均采用當年數據?？冃浇鸨稊祫t根據《中央企業負責人經營業績考核辦法》和年度考核結果確定。
國資委要求，各央企要建立和完善企業負責人崗位評估和業績評價體系，根據其崗位職責和貢獻確定薪酬水平,合理拉開企業主要負責人與其他負責人之間,以及其他負責人相互之間的薪酬差距。企業主要負責人不得在子企業兼職取酬；其他負責人經國資委批準在子企業兼職取酬的，其年度薪酬水平不能超過本企業主要負責人，或由國資委根據工作實際對其職務進行相應調整，只保留一個職務。在境外子企業兼職取酬的，給予境外補貼，補貼標準由國資委確定。央企負責人崗位發生變化，本人應在任職后一個月內將工資關系轉到新任職企業，其薪酬按新任職務標準支付，不得繼續在原企業領取薪酬。
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