赴京的火車上，肖勁光對毛澤東召見的“要事”作了種種揣測：調回軍委機關？交給新的作戰任務？就是沒有想到要自己去組建海軍。由于毫無思想準備，聽了毛澤東的話，肖勁光便坦率地說：“主席，我是個‘旱鴨子’，哪能當海軍司令？這么多年，我就坐過五六次海船，還暈得不行。海軍司令還是讓別人做吧！”
毛澤東輕輕地搖了搖頭：“我就看上了你這個‘旱鴨子’。讓你去組織指揮，又不是讓你天天出海?！背烈髁艘幌?，毛澤東又意味深長地說，有海就要有海軍。過去我國有海無防，受人欺侮，我們把海軍搞起來，就不怕帝國主義欺負了。再說，我們要解放臺灣，也要有海軍，沒有海軍不行。要搞海軍么，總得有個人去領頭。20多年來，我們和日本鬼子打仗，和國民黨反動派打仗，都是鉆山溝，鉆青紗帳，主要在陸地上?，F在要建設海軍了，派誰去當司令員呢？要你當海軍司令，軍委是經過認真研究的。我們搞海軍的基礎很差，現在除了起義人員帶來的艦船、裝備，一無所有。你做過改造舊軍隊的工作，有經驗，也了解我們部隊的傳統。還有，我們搞海軍要爭取蘇聯的幫助，你留過蘇，懂俄語，了解蘇聯部隊情況。這些都是有利條件。肖勁光默默地聽著，知道任命海軍司令員的事中央已經過研究，不好再說什么，只是不住地點頭。最后，毛澤東囑咐肖勁光回到長沙后，繼續抓好12兵團和湖南軍區的工作，調海軍的事等軍委的正式命令。
1949年12月，毛澤東親自率代表團赴蘇聯訪問。臨行前，他又一次召見了肖勁光，向肖勁光了解蘇聯有關方面的情況，征詢他對海軍建設的意見。肖勁光這次有了準備，便比較系統地談了自己對創建海軍的一些想法。毛澤東聽了很滿意，連連說：“好，好，要考慮得更細一些，一步步落實。”此后，中央軍委便向第四野戰軍發出了擬調肖勁光到海軍工作的電報：“為統一管理指揮各地人民海軍及現有艦艇，擬調12兵團兼湖南軍區司令員肖勁光同志為中國人民解放軍海軍司令員、劉道生同志為海軍副政委兼主任，并允許由原兵團直屬隊抽調部分機構與干部，以作為海軍直屬機構之基礎?！钡殴馊魏＼娝玖顔T的正式命令沒有發出。毛澤東明確表示，要等訪蘇回來最后定。
1950年1月，在蘇聯進行國事訪問的毛澤東仍然思考著海軍的籌建工作。通過與蘇聯軍界的接觸、了解，他更堅定了由肖勁光任海軍司令員的決心。13日他從莫斯科給主持中央工作的劉少奇副主席發來電報：“可即任命肖勁光為海軍司令?！睋耍?950年1月15日，中央軍委正式發出命令：“(一)為了統一管理現有各地海軍人員及艦艇及建立人民海軍，特任命肖勁光為中國人民解放軍海軍司令。(二)現在大連創辦之海軍學校及華東軍區海軍司令部今后即直接向肖勁光司令員報告工作?！?/p>
接到命令，肖勁光立即交待在湖南的工作，到京赴任。從此，肖勁光開始了他的海軍生涯。他在海軍司令員的位置上一干就是30年。這30年中，人民海軍白手起家，從小到大，逐步發展壯大起來，在解放東南沿海島嶼、反擊外來侵略、保衛國家海洋合法權益的斗爭中，屢建功勛。
1957年11月7日是蘇聯“十月革命”40周年紀念日。毛澤東以中共中央主席的身份親率代表團赴莫斯科參加慶祝活動。同時，中國還派出了有肖勁光參加的軍事友好代表團。在蘇聯期間，肖勁光會同劉亞樓去看望毛澤東。毛澤東一本正經地問，肖勁光還暈船嗎？劉亞樓還暈飛機嗎？肖勁光說：“現在好多了?！泵珴蓶|風趣地說：“海軍司令暈船，空軍司令暈飛機，這就是本人的干部政策！”
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