集中營養給有限的種子
植物在缺水狀況下，會像往常那樣結出同樣多但卻干癟的種子？還是會自動把有限的水和營養集中用在少有的幾個飽滿的種子上呢？植物出于“傳宗接代”的需求，往往會選擇后者。
馬紅稱，植物的根毛細胞不僅能夠通過土壤中水分的壓力，來感受土壤中水分含量的多少，還可以通過水分中無機鹽的含量高低，來判斷營養含量。而植物研究所的植物發育研究方向，就是研究何種環境最適合植物生長。他舉了個例子，美國幾年前有一次大旱，當地盛產大豆，但是大旱后，當地農民發現，每個果莢里只有一兩個飽滿的種子，而不是正常的三四粒。這樣的現象不只大豆特有。因為在大多數情況下，植物都會集中營養和能量讓種子長得更飽滿，這樣更有利于植物傳宗接代。但是究竟是什么基因在其中起了作用？植物通過什么樣的機制來進行選擇？卻一直是科學界沒有弄明白的問題。而這也是植物研究所在研究的內容之一。
水稻是重要研究對象
水稻是植物發育研究的重要農作物，馬紅稱，因為水稻是南方主要的農作物，而且水稻基因組測序已經完成，有比較好的研究條件。從目前已有的知識來看，環境對水稻的影響很重要。但是過去有關環境對水稻影響的研究主要集中在苗期，現在主要是要了解開花結果時外界環境的影響。因為春天，在水稻的苗期，江南旱情比較少，而水稻開花結果時的6、7月份則旱情會比較多。
據他介紹，復旦大學的植物研究已經有很多年，一部分與進化和生態環境有關，包括野生稻谷、入侵植物生態學等。還有一部分則包括分子生物學、生物化學、植物遺傳學。過去主要研究優越環境下的發育，但是現在要研究環境改變是如何影響植物的。
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