為進一步摸清我市林木種質資源家底，科學保護和合理利用種質資源，推動林木良種事業發展。重慶市于2005年1月全面啟動了林木種質資源普查工作。目前，歷經3年的普查發現，重慶市瀕危樹種沒有出現明顯減少，該市林木資源比較豐富。
此次林木種質資源清查歷時三年多，清查范圍涉及全市39個區（縣）、970個鄉鎮（國有林場）、47個（國家、省、縣級）重點自然保護區，參加調查人員1500余人，調查標準地4620塊，調查線路長度31824公里，清查面積200多萬公頃。
據統計，重慶市主要林木種質資源共有120科538屬2586種。針葉樹種以馬尾松、杉木、柏木為主，面積占全市有林地面積70%左右。珍稀、瀕危樹種35科60屬69種，其中屬國家Ⅰ級的有5科6屬6種，以水杉、銀杏和紅木杉為主。屬國家Ⅱ級的有32科48屬51種，屬國家Ⅲ級的有4科4屬4種。
共篩選出48個樹種優良林分892個小班，面積21557.2hm2。全市共有13個樹種的采種基地，111處，面積為5182.2公頃。優樹收集區5處，其中馬尾松優樹收集區4處，共收集馬尾松無性系509個，總面積100.0公頃；杉木優樹收集區1處，收集無性系114個，總面積1.5公頃。
全市共有8個樹種的種子園626.4公頃；名木古樹樹種55科100屬146種，共6683株，其中，黃葛樹數量最多，達3578株，占總株數53.5%；全市外來引進樹種31科50屬101種，其中用材林14科21屬40種，經濟林9科15屬42種。
此次清查，摸清了重慶市林木種質資源特別是優良鄉土樹種、主要用材林樹種和經濟林樹種的種類、品種、規模、分布范圍以及特性等情況，全市珍貴、稀有、瀕危樹木的種類和數量。對加強林木種質資源的保護、加快新品種開發、提高林產品市場競爭力、維護生態安全，推進林業可持續發展具有十分重要的意義。
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