盡管2007年改革取得了顯著的成績，但國有企業改革也仍然存在一些問題，主要是治理結構、基礎管理以及認識上的偏差等等。
一、治理結構仍須改進
隨著股權分置改革的基本完成，中國公司治理的法規和制度的完善大大推進了中國上市公司向國際公司治理水平看齊。目前主要的問題是[魯桐：“中國公司治理史上的2007年”，http://www.sina.com.cn，2007年12月17日。]
1權責還不到位
研究發現，股東在公司重大事項表決權和在董事、監事和獨立董事提名權的問題上，中國上市公司100強仍有較大的改進余地。從調查的結果看，仍有42%的上市公司沒有落實股東大會對重大事項的表決權。絕大部分上市公司100強都給股東的董事、監事和獨立董事的提名權設立了更高的門檻，只有21家上市公司符合國際慣例。
在董事會運作方面，上市公司董事會的狀態離積極地、戰略型董事會的要求還有很大距離。董事會的會議次數和出席率都不令人滿意。對于那些不足于提請股東會決議而又不能放權給經理人的事項，在董事會自身缺乏主動作為的情況下，股東提議召開董事會臨時會議權力的行使就變得十分重要?！豆痉ā返?11條的規定是持股10%以上的股東有權提議召開董事會臨時會議。對此，71%的中國百強上市公司在其章程中做出了與《公司法》完全相同的規定，沒有發現哪家企業向前邁進了一步，降低一點對股東提議召開董事會臨時會議所需持股比例的限制。而降低股東通過提議召開董事會臨時會議來參與公司治理的持股比例限制，在股改完成、股票逐步全流通、股權逐步分散化的情況下，變得日益重要。
2公司治理水平分化
隨著時間的推移，上市公司治理水平出現了分化的趨勢。在2007年市值最大的100家公司中，綜合治理評分竟然有30分的差距。這一趨勢意味著，我國上市公司的公司治理水平提升逐漸在從一種完全是迫于監管壓力的“強制性制度變遷”過程，轉變為一定程度上源自市場壓力的、企業自主性的“誘導性制度變遷”過程。我們要相應地調整今后改進公司治理的“政策基調”，不必再過分依賴強制性的具體措施和治理機制安排，逐步增加示范性和可選擇性的制度安排。清理有關公司治理的法律和法規中一些僵硬的已經不合時宜的教條和框框，給企業自主性的公司治理改進和創新行為留出更多空間。有關立法和監管機構，也要在其作為“防止、限制和指令”者的同時，擔負起保駕護航的角色。
3國有壟斷性企業的治理問題
在分類比較中，公司治理水平差異顯著性最大的是“國有壟斷性行業”企業和其他行業企業。22家屬于軍工、電網電力、石油石化、電信、煤炭、民航和航運等國家要控股的七大行業中的企業，治理水平平均分比這些行業以外的企業低3分。最高分低于其他行業，最低分高于其他行業，也顯示出這些行業內企業同受較強的“國有屬性”控制而表現不會“太壞”，又因為同享較高的“國有壟斷”好處，缺乏市場壓力，而不會積極改進，難于表現“太好”。更有效率地配置國有資本，降低單體企業中的國有股權比重，以及打破以國有身份進行的行政性的行業壟斷，也許不僅僅是進一步提升中國公司治理水平的要求，也是提高整個中國經濟的競爭質量和運行效率的要求。
二、仍須夯實基礎
國有企業特別是中央企業必須提升管理水平，夯實基礎。[參見李榮融在國資委會議部署2008年工作的講話，中國國企改革網，2007年12月18日。]
1部分企業盈利基礎不牢固
部分中央企業集團內部發展不均衡，利潤集中于少數子企業。2007年1至11月份，在累計實現利潤超過5億元的86家企業集團中，有43家盈利額的一半以上來自于所屬的1戶二級子企業；52%的二級子企業實現利潤占整個集團利潤總額的比重不足5%；所屬二級子企業虧損面超過50%的企業集團有16家。部分企業主業盈利能力下降，75家企業主營業務利潤率低于去年同期。中央企業新增利潤中，非經常性收益占312%。
2部分企業償債風險加大
2007年1至11月份，中央企業資產負債率同比上升的有65家，負債增長高于資產增長的有69家，資產負債率高于75%的有44家；流動比率為1043%，同比下降的企業有76家；速動比率為787%，同比下降的企業有66家。少數企業過分依賴銀行貸款擴大經營規模，短貸長投，加大了財務風險。
3部分企業預算管理有待加強
有的企業預算缺乏科學性，預算目標較為保守，甚至半年完成全年預算目標，難以發揮預算的引導作用。有的企業安排投資、籌資和成本費用預算不合理。18家企業固定資產投資預算70%以上依賴貸款，91家企業成本費用預算增長超過收入增長；86家企業利潤預算下降，但工資預算仍較快增長。有的企業財務風險預算控制意識淡薄，有74家企業預算資產負債率高于去年。
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