啟動“模式微生物基因組測序、數據挖掘及功能解析全球合作計劃”（GCM 2.0）：從微生物資源數據到實物資源的共享利用

模式菌株（type strains）是在給微生物定名、分類記載和發表時，作為分類概念的準則，即以純菌（可繁殖）狀態所保存的菌種。模式菌株由于其參考性和唯一性，對微生物的鑒定、功能研究和大規模組學數據分析都具有重要的價值。目前已知的微生物模式菌株廣泛地分布在全球的保藏中心，已測序的微生物基因組還存在大量的空缺。通過對所有已知物種的模式菌株進行組學數據解析，具有重大的科學意義和戰略意義。隨著測序成本降低和海量數據分析能力的提升，發起大規模的測序計劃，開展以序列分析和功能挖掘為基礎的研究，已是大勢所趨。

2017?年?10?月，由中國科學院微生物研究所牽頭，聯合全球?12?個國家，共同發起了“模式微生物基因組測序、數據挖掘及功能解析全球合作計劃”（Global Catalogue of Microorganisms 10K Type Strain Sequencing Project）_。該計劃將在?5?年內完成超過?10?000?種的細菌、真菌、古生菌模式菌株基因組測序，覆蓋目前已知的全部細菌、古菌模式菌株以及重要的真菌模式菌株，建立全球微生物模式菌株基因組和微生物組測序合作網絡，覆蓋超過?20?個國家的?30?個主要保藏中心，從全球微生物資源保藏中心選擇目前未進行測序的模式微生物菌株，完成超過總體90%以上的微生物模式菌株的基因組測序。

作為中國牽頭的國際大科學計劃，該計劃將建立覆蓋全球主要合作伙伴，尤其是發展中國家的科技資源共享網，聚集全球微生物領域優勢科技資源和頂尖科學人才，幫助解決領域基礎和前沿的重大科學問題，也為《生物多樣性公約》履約和《名古屋議定書》中的生物資源跨國轉移及惠益分享機制等國際合作貢獻中國智慧和中國方案，充分體現了我國在微生物領域的科技創新競爭力和國際引領的綜合能力。

思考與建議

積極提供數據增值服務，確保全球微生物資源數據合作計劃的順利實施

“全球微生物資源目錄合作計劃”（GCM 1.0）目前已經有來自美國、法國、德國、日本、中國、印度、越南、巴西等?46?個國家的?120?個國際微生物資源中心正式加入，40?萬株微生物實物資源的信息匯集到中國團隊開發的數據平臺。在這120?個國際微生物資源中心中，發達國家的和發展中國家的基本上各占一半。這么多發達國家和發展中國家的微生物資源保藏中心之所以向?WDCM?免費提供他們的數據，是由于其開發的微生物綜合大數據平臺，能夠針對發達國家和發展中國家的保藏中心提供各自所需的個性化增值服務。以歐洲最大的微生物資源保藏中心——德國微生物菌種保藏中心（Leibniz-Institut DSMZ-Deutsche Sammlung von Mikroorganismen und Zellkulturen GmbH，DSMZ）為代表，當他們把其保存的?3?萬多微生物資源目錄的數據提交到?WDCM?的數據平臺后，我們可以通過開發的數據挖掘系統，清晰地了解全世界科學家和產業界在過去?30?年里使用?DSMZ?出售的菌種，撰寫了多少科學論文，申請了多少國際專利，產生了多少核酸序列數據，也就是說我們可以告知?DSMZ?他們在過去?30?年里為國際學術界做出了多大的貢獻。DSMZ?所長在撰文描述他們在過去幾十年的發展歷程時，也使用了我們提供的數據。以越南典型培養物保藏中心（Vietnam Type Culture Collection，VTCC）為代表的發展中國家保藏中心，通過加入?WDCM?這一全球合作計劃，可以方便地使用?WDCM?的大數據平臺，建立自己的對外主頁和網上菌種目錄數據庫；還可以通過?WDCM?這一全球化信息平臺把自己的菌株信息展示給全世界，提高自己的知名度，促進全球微生物資源數據的共享。GCM 1.0?是國際微生物資源領域由我國倡導和實施并獲得廣泛響應的國際合作計劃，摸索了一套整合全球微生物資源數據的有效機制，促進了微生物資源數據的全球共享利用，也確立了我國在微生物資源數據共享方面的引領地位。