微生物資源大數(shù)據(jù)平臺建設(shè)

世界微生物數(shù)據(jù)中心落戶中國

世界微生物數(shù)據(jù)中心（World Data Center for Microorganism，WDCM）成立于?1966?年，隸屬于世界微生物菌種保藏聯(lián)合會（WFCC）和聯(lián)合國教科文組織下的全球生物資源中心網(wǎng)絡(luò)（GBRCN），是全球微生物領(lǐng)域最重要的實物資源數(shù)據(jù)中心。經(jīng)過全球競爭，2010?年世界微生物數(shù)據(jù)中心（WDCM）正式落戶于中國科學(xué)院微生物研究所。這是落戶于我國生命科學(xué)領(lǐng)域的第一個世界數(shù)據(jù)中心，其落戶中國標(biāo)志著我國微生物學(xué)研究領(lǐng)域在國際上影響力的大幅提升，也給中國微生物資源研究與利用帶來了巨大的發(fā)展機遇。迄今，全球共有?76?個國家的?755?個微生物資源保藏中心在?WDCM?注冊。

WDCM?建設(shè)和維護(hù)了與微生物資源相關(guān)的一系列重要數(shù)據(jù)庫，包括全球微生物保藏機構(gòu)數(shù)據(jù)庫（Culture Collections Information Worldwide，CCINFO）、全球微生物菌種資源目錄（Global Catalogue of Microorganism，GCM）、全球微生物參考菌株數(shù)據(jù)庫（Reference Strain Catalogue，RSC）、微生物資源引用數(shù)據(jù)庫（Analyzer of Bioresources citation，ABC）等，是全球微生物領(lǐng)域最重要的實物資源數(shù)據(jù)平臺。

在大數(shù)據(jù)整合技術(shù)研究方面，WDCM?團隊開發(fā)了生物資源引用平臺系統(tǒng)，利用先進(jìn)的數(shù)據(jù)挖掘手段，從全球超過?600?萬已發(fā)表的微生物相關(guān)文獻(xiàn)、專利、核酸序列和基因組中，進(jìn)一步提取了微生物資源的后續(xù)研究和利用的信息，并開發(fā)了參考菌株目錄。作為一個跨平臺參考目錄，該目錄整合?ISO?以及其他國際標(biāo)準(zhǔn)菌種統(tǒng)一編號，推動了全球菌種資源的高標(biāo)準(zhǔn)應(yīng)用。在數(shù)據(jù)集成和服務(wù)機制上，WDCM?團隊也進(jìn)行了積極的探索，使得該平臺能夠有效地在全球范圍進(jìn)行數(shù)據(jù)資源的集成，并實現(xiàn)可持續(xù)發(fā)展。同時，WDCM?作為一個合作平臺，使我國科學(xué)家能夠在全球的角度，組織和協(xié)調(diào)各國的相關(guān)力量，建立全球性的合作框架，也讓中國有機會逐步在微生物資源的開發(fā)應(yīng)用和數(shù)據(jù)共享方面占領(lǐng)國際微生物研究前沿和主導(dǎo)地位。截至2018年7月底，平臺的累計訪問次數(shù)已超過?20?萬次。

倡導(dǎo)全球微生物資源目錄合作計劃（GCM 1.0），推動微生物數(shù)據(jù)資源共享利用

為了推動全球微生物數(shù)據(jù)資源的共享和利用，更好地整合不同來源、不同數(shù)據(jù)格式的微生物相關(guān)的數(shù)據(jù)，WDCM?于?2016?年?9月6日在全球保藏中心之間提出了“全球微生物菌種資源目錄國際合作計劃”（Global Catalogue of Microorganism），旨在為目前分散在全球各個保藏中心和科學(xué)家手中珍貴的微生物資源提供一個全球統(tǒng)一的數(shù)據(jù)門戶。此門戶系統(tǒng)覆蓋主要保藏中心的重要微生物資源，并且包括微生物資源在采集、鑒定、保藏和應(yīng)用方面的詳細(xì)信息。這一國際合作計劃建立起了一套統(tǒng)一的全球微生物菌種目錄，對主要保藏中心的目錄進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)化整理，提供統(tǒng)一的檢索出口。同時，在該目錄中集成利用自動化的知識挖掘方法得到的關(guān)于微生物資源的文獻(xiàn)、專利、序列、基因組等其他知識資源，并開發(fā)多種途徑的數(shù)據(jù)檢索工具以及數(shù)據(jù)推送、數(shù)據(jù)定制服務(wù)。

這項計劃由中國科學(xué)院微生物研究所微生物資源與大數(shù)據(jù)中心負(fù)責(zé)具體的信息平臺建設(shè)、數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)建立、數(shù)據(jù)集成與共享實施。目前，已經(jīng)有來自美國、法國、德國、日本等?46?個國家的?120?個國際微生物資源中心正式加入，40?萬株微生物實物資源的信息匯集到中國團隊開發(fā)的數(shù)據(jù)平臺。