(一)2009年，財政部代編160個項目預算1702.83億元，代編預算規(guī)模仍較大。
(二)財政部批復的中央部門年初預算中，有財政撥款之外的基本支出1793.05億元未細化到人員經(jīng)費和日常公用經(jīng)費；有27個項目支出170.20億元、6項政府性基金支出59.40億元未落實到具體項目或單位，其中三峽工程建設基金等4項政府性基金只列了預算支出總額。
(三)基本支出定員定額改革從2001年開始試點，目前中央財政尚未建立完善的定員定額體系，不利于規(guī)范預算分配和執(zhí)行。
(四)在衛(wèi)生部所屬的15家醫(yī)院2007年和2008年修購基金年末結(jié)余分別為45.15億元、49.99億元的情況下，財政部2009年仍安排其新建固定資產(chǎn)等項目預算16.39億元，這不利于統(tǒng)籌安排資金，提高資金使用效益。
(五)發(fā)展改革委等5部門2009年1月下達天津、河北等6省區(qū)市2008年鞏固退耕還林成果任務計劃35.58億元，財政部2009年6月才撥付資金，影響預算執(zhí)行進度。
(六)2009年12月，中央本級庫款支出為2166.53億元，是前11個月平均數(shù)的1.87倍，占全年支出的14.2%，預算執(zhí)行進度不夠均衡。
(七)2009年，中央財政本級實際支付以前年度結(jié)轉(zhuǎn)資金1343.10億元，1至11月實際支付時均記列為當年預算支出，年末再一次性調(diào)減，使財政部向社會公布的1至11月中央本級財政支出數(shù)據(jù)不夠準確。
(八)2009年，發(fā)展改革委向尚未取得初步設計批復的中國鐵道科學研究院城市軌道交通試驗線等2個項目、未取得環(huán)境影響評價審批意見或征地手續(xù)的無錫國家大型渦輪葉片研發(fā)和檢測中心等3個項目、未完成評估論證的蘭州國家石油儲備基地工程等下達投資計劃共計6.37億元。截至2010年3月，上述項目均未開工建設，資金全部閑置。
(九)發(fā)展改革委在下達重點產(chǎn)業(yè)振興和技術改造中央預算內(nèi)投資計劃時，將4.72億元下達給了不屬于該專項范圍的22個建材項目和50個醫(yī)藥項目。
(十)2009年，發(fā)展改革委下達重點流域水污染治理項目中央預算內(nèi)投資計劃30億元，涉及314個項目。抽查其中124個項目發(fā)現(xiàn)，實際投資補助標準存在較大差異，同流域同省份實際補助標準不一致的項目有60個，涉及11個省，如陜西省8個項目的實際補助標準最高為30%、最低僅4.3%。
(十一)因相關建設單位前期準備不充分等，截至2010年3月底，發(fā)展改革委下達的2009年農(nóng)網(wǎng)完善工程等中央預算內(nèi)投資計劃79.79億元中，有32.03億元國家電網(wǎng)公司尚未向財政部申請使用，占40.14%；有11.03億元滯留在省級電網(wǎng)公司未用。
(十二)截至2009年底，發(fā)展改革委向國家文化和自然遺產(chǎn)地保護、搶救性文物保護設施建設等2個專項下達的中央投資分別占“十一五”規(guī)劃項目任務的37.5%和52.36%。若按此投資進度，在規(guī)劃期內(nèi)很難完成建設。
(十三)審計18個省中等職業(yè)教育基礎能力建設和農(nóng)村初中校舍改造兩個專項的437個項目發(fā)現(xiàn)，發(fā)展改革委把關不夠嚴格，向地方申報材料不真實的項目下達中央預算內(nèi)投資5154萬元，其中2081.21萬元被挪用于償還欠款或其他項目建設。由于前期準備不足、選址變更和配套設施不全等，截至2009年底，有13個項目未開工、9個項目建成后閑置，涉及中央投資5382萬元。一些地方還存在轉(zhuǎn)嫁配套責任等問題，有12個項目的1301萬元配套資金被轉(zhuǎn)嫁給下級政府和學校，另有4所學校向職工個人有償集資1445.4萬元。
(十四)審計18個直屬海關關稅和進口環(huán)節(jié)稅征管情況發(fā)現(xiàn)，截至2009年底，有11個海關對進口貨物完稅價格、適用稅率以及減免稅等審核把關不嚴，造成稅款流失3664.55萬元；有6個海關對13戶企業(yè)擅自將尚在海關監(jiān)管期內(nèi)的免稅進口貨物移作他用的行為，未按規(guī)定要求企業(yè)補稅或提供稅收擔保，涉及減免稅款7.75億元，存在稅款流失隱患。此外，天津海關為調(diào)節(jié)收入進度，對22家企業(yè)2009年12月申報的進口貨物，在符合征稅條件的情況下，先以各種理由征收稅款保證金8.01億元，在2010年1月才轉(zhuǎn)為稅款入庫。
對上述問題，財政部、發(fā)展改革委和有關部門正在逐項研究，加以整改。
二、中央部門預算執(zhí)行審計情況
此次共審計56個中央部門，延伸審計310個所屬單位；審計預算支出1224.83億元，占這些部門預算支出總額的33.23%。2009年，這些部門重視和加強預算管理，不斷完善財務管理制度，加大對財政資金使用的監(jiān)督力度，在審計前對其本級和所屬912個單位進行了自查，還有24個部門制定和完善了117項規(guī)章制度。審計結(jié)果表明，部門預算的執(zhí)行力與約束力有所增強，預算管理水平有所提高，違紀違規(guī)問題明顯減少。但預算執(zhí)行和預算管理中也存在一些問題：
一是預算執(zhí)行還不完全到位。56個部門中，有16個部門當年超預算支出8.74億元，占這些部門預算支出的3.38%，主要是動用以前年度財政撥款結(jié)余等未編入本年預算，還有個別部門因人員經(jīng)費定額偏低而使用其他經(jīng)費彌補，造成實際支出超預算；有40個部門年末預算結(jié)余161.26億元，占這些部門預算支出的16.69%，主要是一些部門的項目庫建設滯后，項目論證不夠充分，年初預算未按要求落實到具體項目，有的預算資金下達晚，造成預算執(zhí)行進度慢，當年項目預算沒有完成而形成結(jié)轉(zhuǎn)資金。
二是預算管理還不夠嚴格和規(guī)范。56個部門中，有16個部門存在以撥代支等問題，涉及金額5.60億元；19個部門存在未嚴格執(zhí)行政府采購規(guī)定的問題，涉及金額14.09億元；23家受托代征單位未按規(guī)定征收或上繳港口建設費50.85億元。
三是一些部門及所屬單位仍存在違反財經(jīng)制度規(guī)定的問題，涉及金額34.84億元，具體是：
1.擠占挪用財政資金和違規(guī)發(fā)放津貼補貼10.95億元。其中：35個部門本級和83個所屬單位因項目預算編制不夠細化、執(zhí)行不嚴格等，造成擠占和挪用預算資金9.22億元；兩個部門本級和25個所屬單位未嚴格執(zhí)行國家有關規(guī)定，新增項目或提高標準發(fā)放津貼補貼1.73億元。
2.多申領財政資金或瞞報收入和資產(chǎn)等6.21億元。其中：1個部門本級和6個所屬單位采取虛報或重復申報項目等方式，多申領財政資金2962.68萬元；14個部門本級和33個所屬單位瞞報各項收入和資產(chǎn)等5.91億元，未在法定賬簿內(nèi)核算。
3.違規(guī)收費及未按規(guī)定征繳非稅收入等16.26億元。其中：1個部門本級和17個所屬單位違規(guī)收費或攤派等2.44億元；3個部門本級和10個所屬單位未按規(guī)定征收和上繳非稅收入13.82億元。
4.接受和使用虛假發(fā)票列支問題比較普遍。抽查56個中央部門已報銷的29363張可疑發(fā)票中，有5170張為虛假發(fā)票，列支金額為1.42億元。其中：8個部門本級和34個所屬單位在無真實經(jīng)濟業(yè)務背景的情況下，利用虛假發(fā)票套取資金9784.14萬元，主要用于發(fā)放職工福利補貼等；12個部門本級和37個所屬單位對票據(jù)審核把關不嚴，接受虛假發(fā)票報賬4456.66萬元。
四是部門決算(草案)編報不夠準確。在決算(草案)審計中發(fā)現(xiàn)，有49個部門決算(草案)反映的收入、支出、結(jié)余不夠準確、資產(chǎn)不夠完整，涉及金額25.21億元，占報表反映資金總量的0.70%。對這些問題，審計長已簽署意見，要求被審計單位在財政部批復決算前調(diào)整相關賬目和報表。
目前，中央部門已糾正自查中發(fā)現(xiàn)的各類問題54.40億元，整改審計中發(fā)現(xiàn)的問題2.94億元，并制定了91條落實審計建議的具體措施。
各部門的審計結(jié)果將依法予以公告。
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