3．濕地喪失、水資源枯竭。濕地喪失和水資源的枯竭是西部特別是西北干旱區土地荒漠化的根本原因。由于大規模水土開發，盲目建壩興修水利進行農業開發，造成西部地區河流相繼斷流、枯竭，湖泊干枯或咸化。如我國最大的內陸河流塔里木河，由于上游農業開發等用水和相應的水利建設，造成下游河流的干枯和胡楊林的死亡、植被沙化或荒漠化，濕地變成荒漠；內蒙古西部最大的內陸河黑河，由于上游甘肅水利建設和農業用水，造成下游河流干枯，居延海最終于1992年干枯，原來的濕地變成荒漠。西北地區的綠洲開發或人造綠洲，或者要建造大量的水利設施、消耗大量的地面水源，或者利用地下水打井澆灌，不僅造成河流湖泊的干枯，還造成地下水位的嚴重下降，必然造成地表植被的嚴重退化，如河谷林的退化消失、濕地的消失和荒漠化、草地的荒漠化等等。
4．物種的瀕危和滅絕。棲息地的退化喪失必然造成物種的瀕危和滅絕，物種的瀕危和滅絕又加速了生態系統的進一步退化喪失。20世紀在西部地區先后滅絕了3種大型哺乳動物新疆虎、野馬和高鼻羚羊，一些物種如野駱駝、河貍、長臂猿等極度瀕危甚至已經絕跡，大量物種的瀕危及很多物種的滅絕消失并沒有引起人們的關注，特別是水生生物的滅絕消失。以新疆烏倫古河及烏倫古湖（我國十大淡水湖之一）為例，上世紀80年代貝加爾雅羅魚和河鱸是主要本土經濟魚種，產量達3000噸以上，進入本世紀后，這兩種魚已很難見到，當地再想吃河鱸甚至不得不從哈薩克斯坦進口。
5．環境污染加重。西部的環境污染問題表現在大氣污染、水污染和局部地區的土壤污染問題，污染的根源在于過度和片面追求發展才是硬道理，大量地不計環境成本地開發自然資源，特別是礦產資源開發。礦產資源開發是造成西部生態系統破壞退化和生物多樣性喪失的一個重要原因。根據《西部地區生態環境現狀調查報告》（國家環保總局，2002），截至1999年，西部地區（不含貴州、西藏）因礦產資源開發破壞的土地面積累計達181萬公頃，其中林地破壞占16.3%，草地破壞占8.6%，耕地破壞占8.0%。實際上，像水土資源開發導致濕地喪失和水源枯竭一樣，礦產資源開發造成生態破壞的現象在西部大開發實施后有進一步加劇的趨勢。大量在東部地區難以安家的污染企業，得以在環境監督相對落后和寬松、而追求經濟效益更加迫切的西部地區安營扎寨，這種狀況實際上在西部大開發后更加嚴峻。農業開發乃至草原鼠蟲害防治，大量的化肥、農藥的使用也是導致水包括地下水污染、土壤污染乃至生物鏈破壞的重要原因。實際上，北京的空氣污染有相當一部分是隨著西北部沙塵飄散到北京上空的。
實際上，荒漠化、沙塵暴、洪水等災害及環境污染只是表癥，其根本原因在于森林、濕地（包括水資源）和草原等自然生態系統的退化喪失及生物多樣性的瀕危滅絕。
表9 保護區調整與區內居民搬遷
為了保護西部生態環境，從上世紀80年代以來，國家投入了大量財力物力和人力，先后實施了一系列生態保護工程，如大熊貓保護工程、“三北”防護林體系建設、長江中上游防護林體系建設工程、全國防沙治沙工程、天然林保護工程、退耕還林（草）工程、退牧還草項目、國家公益林項目等等。表7為在西部地區或主要在西部地區實施的生態工程情況，這些項目工程除退牧還草項目以外，基本都由林業部門主管，都涉及大量的植樹造林投入，特別是“三北”防護林建設工程、京津風沙源治理工程、退耕還林工程等；而退牧還草項目及公益林建設（屬天保工程范疇）則都涉及鐵絲網圍欄的建設。
如果加上其它一些諸如水土保持、流域治理等明目繁多的生態工程建設項目如黑河治理工程（總投資23億）、塔里木河綜合治理工程（107億元）等等，我國平均每年在西部地區“生態建設”投入至少在600億元人民幣以上，這將是西部國內生產總值的3.6%以上。西部生態環境保護投入力度如此巨大，可謂舉世罕見，為什么總跳不出“局部改善總體惡化”的魔咒呢？下面就大熊貓保護區工程、“三北”防護林建設工程、退牧還草工程等加以剖析。
1．大熊貓保護工程
大熊貓保護工程是我國乃至全球對一個瀕危物種保護投入力度最大的案例。1985年2月，林業部與世界自然基金會簽署了聯合制定“中國大熊貓及其棲息地保護管理計劃”的協議，根據1985年至1988年的全國大熊貓調查，于1989年10月編制出了《中國大熊貓及其棲息地保護管理計劃》（簡稱管理計劃）。計劃于1991年至1995年5年內執行，總預算為9000萬元，在執行期進行2次評估并進行必要的修訂，并在最后一年制定下一個5年管理計劃。在《中國大熊貓及其棲息地保護管理計劃》的基礎上，林業部制訂了《中國保護大熊貓及其棲息地工程》（簡稱保護工程），并于1992年經國務院批準立項實施。《保護工程》主要內容包括完善13個已建保護區的設施和建設、新建14個保護區和17條走廊帶等，工程總投資3億元，最終將使大熊貓及其棲息地得到有效保護。表8、9、10、11為工程實際完成情況的評估分析。可以看出，當時計劃的14個新建保護區實際上只在原規劃的岷山保護區范圍內成立了白羊、雪寶頂和片口3個保護區，保護區調整與居民搬遷的目標基本都沒能實現，保護區走廊帶也基本未能實施，而保護區外棲息地甚至包括規劃的走廊帶幾乎全部遭到森工伐木廠的皆伐式采伐，由于保護區外幾乎已無獵可偷，野生動物偷獵現象更多地發生在保護區內，大熊貓面臨的威脅實際上已經更加嚴峻。工程項目目標之所以基本未能實現，根本的原因在于森工采伐進入90年代以來已經到達了瘋狂的、不顧一切的地步，甚至規劃的新建保護區采伐更加嚴重，因為森工單位的目標變成了“先抓緊采伐完了再建保護區”，抓緊采伐成了當時的重中之重。
表10 保護區外大熊貓棲息地管理
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