機場高速收費問題一度成為媒體關注的焦點，近年來不斷有律師狀告機場高速收費，人大代表和政協委員們也不斷有人站出來質疑此收費合理性。
問題的核心在于，首都機場高速公路當初立項時定為“政府收費還貸公路”，其特征是不以營利為目的，貸款全部還清后就應停止收費。但建成收費3年多后，該公路的性質“自覺”轉為“經營性公路”，并重新核定了30年的收費權。
2008年2月，國家審計署就按其審計結果將首都機場高速收費定性為“不合理，但不違法違規”，而北京市相關部門就此事的看法也各不相同，但首發依然置若罔聞，甚至宣稱收上100年費也行。
審計署：首都機場高速公路收費不合理
國家審計署于2008年2月27日發布了2006年18省市收費公路建設運營管理審計公告，當中提出由北京市交通局利用財政資金和部分銀行貸款建設的首都機場高速公路，總投資11.65億元，其中銀行貸款7.65億元，從1993年開始收費。
但機場高速在收費3年多后，被轉為上市公司在香港上市，同時重新核定30年收費期限。首發至2005年底已收費32億元，估算剩余收費期內還將收費90億元，這一金額遠遠超過了當時的投資，審計署隨后將其定性為“不合理，但不違法違規”。
北京市發改委回應政協委員質疑 只字未提機場高速收費
2005年全國政協十屆三次會議上，第九、十屆全國政協委員方廷鈺提交了“關于改革北京市高速路收費規定”的提案。提案建議，已經還清貸款的高速路取消收費，道路養護費用由政府負擔，也就是用納稅人的錢來養護。
然而，同年5月，北京市發展改革委的書面回復，只是籠統地說：“北京市現有高速路建設開通時間基本集中在上世紀90年代中后期，至今大部分不足10年，均未收回投資。對于還清貸款和收回投資的永立大橋、密古路，市政府已分別于2000年、2004年停止了其收費。”
書面回復對機場高速路的收費問題“只字未提”。
北京市發改委主任張工：正在考慮調整機場高速收費
面對審計署的調查公告和公眾的屢次質疑，全國人大代表、北京市發改委主任張工在此后作出回應，稱已經將調整機場高速路的收費問題納入考慮范圍。機場高速路的現行收費政策要不要停、什么時間停，這些研究工作目前已經開始著手。
但張工同時強調，機場線還有一定的特殊性：如果將機場高速路完全放開，大家可以想象機場線的交通擁堵會是什么樣子。類似的還有京石高速路等路線，雖然收費的金額已經足夠償還貸款，但是如果立即停止收費，那交通壓力會非常大，這都需要通盤考慮。
北京交通委: 收益部分已經轉移給了其他收費公路的建設
根據相關政策，按還貸款路收費，收費年限最多為20年；按經營性公路收費，收費年限最多為30年。機場高速公路按經營性公路的年限收費，此舉遭到相關人士的質疑：明明是政府舉資修建，怎么就成了經營性公路？同時，收費時間也從1993年開始改為從1997年開始，之前的4年收費為何被抹殺？
就此疑問，07年4月，北京交通委給出解釋：由于還貸壓力很大，首發公司依法收取通行費償還貸款，同時首發公司還擔負著500多公里已建成高速公路的管養任務和規劃新建300多公里高速公路的建設任務。
言外之意，機場高速和京石高速公路這些盈利的收費公路，還完貸款后的收益部分已經轉移給了其他收費公路的建設。
兩部門作出《公開首都機場高速路收費信息的申請》答復
2008年6月24日，北京市發改委和交通委作出對《公開首都機場高速路收費信息的申請》的答復。答復中只明確表述了機場高速的投資總額及4年來的通行費收入，未對 “貸款總額和收費資金去向”這一核心問題給予直接答復。
首發公司副總：高速收費有利于緩解交通擁擠
在駁回了律師胡鳳濱對高速公路的訴訟后，北京市朝陽法院向北京市首都高速公路發展有限公司、北京市交通委、北京市發改委發出了《司法建議函》，對高速公路收費的行政審批程序，以及現行的收費方案，提出司法建議。
對此，北京市首都高速公路發展有限公司副總經理馮雷在此間表示，他們會重視法院意見，會請道路行業方面的專家進行研討，并“在10天之內做出答復”。
但他認為，目前急于解決的是北京交通擁堵問題。機場開放式收費，效率很高，有利于緩解交通擁擠，在效率和公平不可兼得的情況下，“我們選擇效率”。
2007年北京兩會期間，首發公司董事長郭普金曾表露過，無論是高速公路收費站后移或取消收費，可能性都不大。
07年6月底，首發副總經理馮雷接受媒體采訪時又解釋，首都機場高速公路是經營性高速公路，不同于“貸款修路，收費還貸”的模式，并非還清了貸款就要交給人民免費使用的，它就是收上100年費也行。
7月16日，首發黨辦一王姓負責人向記者強調，他們的收費行為都是按照政府相關政策來執行的。而這些政策，都是公開的。
首發公司回應三教授信息公開申請：政府信息公開與其無關
據悉，北大三位教授在向北京市發改委提請政府信息公開前，曾電話咨詢首都機場高速公路的收費者——首都高速公路發展有限公司，要求該公司公開上述信息，但遭到了對方拒絕。據稱，首都高速公路發展有限公司的工作人員表示，該公司并非政府機關，政府信息公開和其沒有關系。
至此，審計署“首都機場高速公路收費不合理”、北京市發改委主任張工“正在考慮調整機場高速收費”言猶在耳，而首發未見回應大眾呼聲，只有其副總稱“高速收費有利于緩解交通擁擠”，并側面揚言“就是收上100年費也行”。(扎西）
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