二、存在的主要問題和整改情況
(一)個別分項目投資控制不嚴。
1.審計抽查發現，截至2008年底，京滬高鐵1、2、4標段及上海虹橋站部分工程超進度驗工計價，累計6.17億元；1、4標段及上海虹橋站、天津西站存在未按規定調減工程計價、超范圍調增自購材料價格等問題，多計工程款共1.37億元。
2.京滬公司將鐵道部經濟規劃研究院負責的通用參考圖動態跟蹤和技術服務工作中的部分內容，重復委托給中鐵工程設計咨詢集團有限公司，增加工程成本2200萬元。
3.勘察設計后期費等計費依據不充分。審計發現，設計單位鐵道第三勘察設計院集團有限公司、中鐵第四勘察設計院集團有限公司采用未經批準的內部測算系數，調整原國家計委、建設部發布的《工程勘察設計收費管理規定》(計價格〔2002〕10號)中相關取費標準，計取勘察設計后期費30.35億元，計費依據不充分；在鑒修概算中，計列的“外方監理費”6472萬元和“咨詢費”3019.3萬元，計費依據不充分。
(二)少數分項目承發包不夠規范。
在京滬高鐵正線、上海虹橋站、南京南站和大勝關長江大橋等工程的招投標過程中，京滬公司、上海鐵路局等建設單位存在標書審核不嚴、未按規定招標等問題，個別施工單位違反招投標相關規定，將工程分包給無相應資質的單位。審計抽查中國水利水電建設集團公司(以下簡稱中水集團)投標書中的118名專業技術人員發現，有54人的專業技術職稱和職業資格與實際不符；上海鐵路局在上海虹橋站建設中，將應招標的工程咨詢和樁基第三方檢測項目化整為零，規避招投標；中國交通建設股份有限公司、中鐵六局等9家單位未經建設單位批準，違規分包工程合計3.12億元，部分工程被分包給不具備相應資質的單位。
(三)部分施工單位使用不符合國家規定的發票入賬結算。
在材料采購、貨物運輸、機械設備租賃等業務中，中水集團、中鐵十六局等17家施工單位項目部使用不符合國家規定的發票入賬結算，總金額達5.2億元。
對審計發現的上述問題，鐵道部、京滬公司及各參建單位高度重視，多次組織專題會議，認真研究制定整改方案，及時糾正審計發現的問題，并完善了規章制度。
據京滬公司提供的資料，截至2009年8月底：
對超進度驗工計價6.17億元的問題，建設單位已全部糾正；
對多計工程款1.37億元和重復委托增加工程成本2200萬元的問題，建設單位正在采取措施整改；
對勘察設計后期費30.35億元、鑒修概算中“外方監理費”6472萬元和“咨詢費”3019.3萬元計費依據不充分的問題，鐵道部正在調研計費定額，研究制定整改措施；
對少數分項目承發包不夠規范的問題，建設單位清理了違規分包的施工隊伍，并進一步研究完善施工總承包管理，加強對招投標和施工單位分包行為的監管；
對使用不符合國家規定發票入賬結算5.2億元的問題，施工單位已糾正4.56億元，其余0.64億元正在整改，相關違法違紀人員已移送司法機關處理。
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