根據《泛珠三角區域合作框架協議》，為保證有效開展合作，拓展合作渠道，泛珠三角區域合作依照以下合作協調機制運行推進。
（一）內地省長、自治區主席和港澳行政首長聯席會議制度。每年舉行一次會議，研究決定區域合作重大事宜，協調推進區域合作。
泛珠三角區域合作行政首長聯席會議秘書處在行政首長聯席會議下設立，設1名秘書長、2名常務副秘書長和若干名副秘書長。秘書處執行行政首長聯席會議的決定，負責協調秘書長協調制度、各成員方日常工作辦公室、部門銜接的落實和制度運作，起草、報送、印發區域合作有關文件等。秘書處設在廣東省。
?。ǘ└郯南鄳藛T參加的政府秘書長協調制度。協調推進合作事項的進展，組織有關單位聯合編制推進合作發展的專題計劃，并向年度行政首長聯席會議提交區域合作進展情況報告和建議。
?。ㄈ└鞒蓡T方設立日常工作辦公室，負責區域合作日常工作。九?。▍^）區域合作的日常工作辦公室設在發展改革委（廳），香港、澳門特別行政區由特區政府確定相應部門負責。
?。ㄋ模┙⒉块T銜接落實制度。各方責成有關主管部門加強相互間的協商與銜接落實，對具體合作項目及相關事宜提出工作措施，制訂詳細的合作協議、計劃，落實本協議提出的合作事項。
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