從澤當出發往西行４０公里，便進入札囊縣境內。從渡口乘船半個多小時，便到達北岸，穿過一片樹林，就來到了桑耶寺。桑耶寺是一片寺林，圍繞主殿，四周有大大小小的寺廟１０８座。掩藏在群山、叢林之中的桑耶寺，環境優雅、幽靜。桑耶寺始建于公元７７９年，后遭火災，于１８世紀初重建。
據說，桑耶寺是印度“班智達”（精通佛法的僧人）蓮花生仿照印度阿登達波寺的規模，糅合漢、藏、印的風格為一體設計建筑的。主要建筑有“祖拉康”（大雄寶殿）和紅、白、綠、黑四塔。大殿坐西朝東，四周有墻，墻內是回廊。殿高三層，下層為藏式，中層為漢式，最上層是印度建筑風格。四座塔均建在大殿四角中分線的延長線上，距殿角１０米。四塔建筑形式都不相同，紅塔用磚石砌成，下方上圓；白塔與北京的北海白塔相似；黑塔如覆鍋三疊；綠塔則是琉璃磚砌成，上置相輪寶剎，最為精美。
寺建成后，由赤松德贊親自挑選的７位西藏青年剃度出家，在桑耶寺內學經、譯經，成為西藏歷史上的第一批僧侶。他們不負王命，后來都學成并有一定造詣。
按西藏習慣，完整的寺院必須具有佛、法、僧三寶。平時沒有僧人常住，實際上只能稱之為“神龕”或“法臺”。桑耶寺可算是西藏寺廟之祖，因為桑耶寺建成之后便具有佛、法、僧三寶。而有些寺雖然建寺時間早一些，但在桑耶寺之前沒有具備三寶。
寺內有許多珍貴文物，如壁畫、唐卡、法器等。這第一座寺內到處有精致的彩繪壁畫。壁畫題材除其它寺院常見的外，還有“西藏史畫”、“桑耶史畫”、“蓮花生傳”、“舞蹈雜技”、“體育活動”等。其中“宴前認舅”一組壁畫描繪的是金城公主的故事：公主進藏一年，腹中懷孕，而正宮拉朗心生嫉妒，謊稱亦孕有王裔太子。金城公主生太子赤松德贊，拉朗公主上前假裝親昵，竟將太子奪去，并聲稱為她所生。金城公主悲傷，眾臣皆疑，遂告藏王赤德祖贊。當太子一周歲時，藏王盛開周歲之筵，邀請拉朗人和漢人“來會藏王”。拉朗人為取得太子的喜歡，帶來許多禮品。生日那天，藏王坐于中央金寶座上拉朗人列于右，漢人位于左。父王以滿盛青稞酒之金杯，交與盛裝麗服的太子，并說：“三母新生獨一子，身軀雖小而靈秀，金杯滿注青稞酒，其自獻與親舅，以決孰為汝母后？”太子勉強舉步從之。拉朗人拿出衣的，炫耀而呼喚，太子未聽，竟越漢人之側，敬金杯與漢人，并說：“赤松乃漢之甥，彼拉朗舅有何關？”金城公主踴躍而歡呼，遂設“廣大筵宴，慶祝之。”
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