但是，不論是公眾，是政府決策機構，或是學術界、輿論，還是智庫局內人，對于目前中國專以公共問題之實際研究為指向的智庫的狀況，不很滿意。研究經濟問題的大多數智庫去年的預言成為笑談，而很多決策、甚至立法，也明顯讓人感到，制訂者并沒有充分地理解社會的狀況，其方案也有失粗糙，甚至常有明顯疏漏與自相矛盾之處。
問題出在哪兒？很多人抱怨智庫缺乏資金。這種理由如果在十五年前拿出來說，也許還有點道理。但今天，相對其他社會群體，從事學術與政策研究群體的收入已居于社會上游。因此，今日中國智庫水準低下，不是因為缺乏資金，而是因為智庫的結構存在致命缺陷。
這種缺陷一目了然，尤其是與美國加以對比。在美國，以及在任何其他國家，智庫的絕大多數是民間的，政府創建、經營的智庫極少。中國卻恰恰相反，大多數研究機構直屬政府，即便屬于事業單位，也因為事業單位的高度行政化，與政府有著非常直接的關系。比如，其經費的部分、甚至相當部分由政府劃撥。除此之外的民間智庫非常少。由于制度環境約束，它們的生存十分不易。即便勉強生存下來，它們的意見亦往往難以受到重視。實際上，民間智庫的生存環境越來越惡劣。相對于90年代，最近若干年以來，民間智庫處于萎縮狀態。
這樣的智庫結構必然損害智庫功能之正常發揮。按照嚴格的定義，官辦智庫本來就不是智庫，智庫之興起乃是民主治理秩序擴展的結果。智庫是指政府之外的民間政策研究機構。智庫就是為了彌補政府關門決策的缺陷，試圖突破政府官員的理念與知識局限，凝聚政府官員之外的全社會各路精英的智慧，將其融入公共政策與立法中。這樣的智庫就成為官民理性互動的渠道。如果研究機構唯領導之意圖是從，那根本就迷失了智庫的本性。研究機構揣摩上意，政府當然也就無法從那里獲得真知灼見，那些所謂的智力產品也就無助于提升政策與立法的理性程度。
因此，推動中國社會治理之理性化，需要智庫提升其水準。但光是辦一些高規格的智庫，是無濟于事的。重要的是變革社團與研究機構管理制度，讓各種智庫都有正常發育的空間。
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