財政收入已經成為影響醫改前進的制約因素。1月21日，國務院醫改辦公室副主任、國家發改委副主任朱之鑫正式確認，此前醫改文件中規定的2009年“各省(區、市)30%基層公立醫院實施基本藥物制度”的目標已經被推遲到2010年的2月份。而導致這一目標推遲實現的主要原因，是因為在取消藥品價格加成制度之后，用于補償基層醫療機構的資金需求超出了財政部門的承擔能力。
財政部正在醞釀，由財政部門單一補償改為財政部門和醫保基金等多頭補償，并在全國各地推廣安徽、天津和湖南等地的經驗。
資金捉襟見肘
建立國家基本藥物制度，是中國2009年到2011年醫改工作的5大目標之一，旨在緩解“看病貴”的問題。而基本藥物制度的改革內容之一，就是取消藥品銷售的加成、實現基本藥物零差率銷售，基層醫療機構由此減少的收入由政府對其經常性收支差額予以補助。
財政部在此前調研中發現，在基層醫療衛生機構實施基本藥物制度十分復雜，地方操作時遇到了很大的困難。而在財政部近期舉辦的一次全國市縣級財政部門醫改政策培訓班上，不少地方的財政官員反映，集成醫療衛生機構取消藥品加成后減少的收入僅由財政一家補償，財力無法承受。
根據國務院公布由財政部等部門測算的數據，從2009年到2011年三年間政府將新增投入8500億元用于醫改五項重點改革，其中中央承擔40%，地方承擔60%。而從2009年開始，由于全球金融危機的影響，全國財政收入的增幅從2008年的19.5%降至2009年的11.7%，而地方政府面臨4萬億配套等資金需求，地方財政更是捉襟見肘。
而在醫改過程中，基層醫療機構實施醫改后的收支差額將主要由地方政府承擔，中央財政只是對實施基本藥物零差率銷售和績效工資動手早開展好的地區給予適當的獎勵。
天津經驗進入決策層視野
財政部一位高層官員在一次內部討論會上表示，如何對基層醫療衛生機構取消藥品加成減少的收入進行補償，將決定基層醫療衛生機構是否有足夠的積極性推進改革，也決定了改革之后基層醫療衛生機構能否持續正常運行和發展。
而天津、揚州、鎮江等地的“多頭補償”的經驗進入決策層的視野。在上述會議上，天津財政官員介紹了其多頭補償的主要內容：首先，去掉黑色收入，將基層醫療衛生機構原來藥品收入中不合法不合規的部分剔除。其次，消化部分灰色收入，通過降低運行成本，以及實施績效工資來消化。第三，合理調整醫療服務價格和核定財政補助。“但是，在目前看病難看病貴的大環境下，在全國范圍內大幅度提高醫療服務價格有不小的難度。”上述官員表示。
因而，最重要的是通過醫保基金直接補償：在新農合和居民醫保等醫保基金按現行醫療服務價格補償服務成本的基礎上，天津等地還對基層醫療衛生機構因取消藥品加成減少的收入給予直接補償。
根據天津的經驗，目前天津基層醫療機構已經實現零差率，醫院取消藥品加成減少15%的收入，6%由地方財政支出，剩下的9%由醫保基金負擔。財政部高層認為，此種做法合情合理，取消藥品加成，患者的醫療費用開銷就會降低，實際上大大減少了各項醫保基金的支出，增加了基金結余；同時從2010年開始，新農合居民醫保等籌資標準將大幅提高，為通過醫保基金直接補償提供了難得機遇。
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