隨后，小曼麗被送到了阜陽市人民醫院，醫護人員立即對小曼麗采取急救措施，但是經過醫護人員的全力搶救，仍然沒有能夠挽留住小曼麗的生命，入院幾個小時之后，她停止了呼吸。
在小曼麗死亡之前，阜陽當地已經有5名患兒因為相似的癥狀死亡，這個異常的情況引起了阜陽市人民醫院兒科主任劉曉琳醫生的注意。劉曉琳醫生告訴記者，從3月28日開始接手這些病例，她就發現了一些不同尋常的跡象。
阜陽市人民醫院兒科主任 劉曉琳："3月28號我上夜班，我是5點半接的班，接班以后白班醫生告訴我有兩個危重病號，我當時就問是什么情況，他們告訴我是呼吸困難，像個肺炎。我到床邊他就口吐血性泡沫液了，這時候就是肺出血的表現就出來了，當時呼吸非常困難，口唇紫紺，另外口吐血性泡沫液，兩肺跟開鍋了一樣，就我往床前這么一站這么一聽診，這時候心電監護儀就顯示，心率減慢，呼吸停止，這時候立即進行搶救，大概是人工呼吸，胸外按摩，一系列搶救大概一個小時左右，小孩瞳孔散大就沒的了。"
這時候另外一個小病號的癥狀也在加重，口吐粉紅色泡沫，呼吸困難，手、足指甲都是青紫的，口唇紫的像茄子一樣，血氧飽和度提示在70%以下，表示缺氧非常嚴重了。
根據這些癥狀，劉醫生開始懷疑患兒是不是存在某些心臟方面的疾病。但拍下心電圖以后，發現除了心跳增快之外，沒有發現心率失常，心率紊亂等異常。
劉醫生還沒有來得及仔細分析心電圖，這名患兒的病情就急轉直下，到晚上7點半左右，這名患兒同樣經過搶救無效死亡。接班兩個小時的時間，就有兩名患兒因為與肺炎相似的癥狀死亡，這大大出乎劉醫生的意料之外。
阜陽市人民醫院兒科主任 劉曉琳："我們的肺炎在往年治愈率是98%，可能還要多一點，就是說100個病人也死不一個兩個，我這一晚上就死了兩個。"
調查·確認
在查閱前兩天的醫療記錄時，劉醫生發現就在前一天，也就是3月27日，也有一名病癥相同的患兒死亡。
她將這三個患兒死亡病例聯系在一起之后，立即將這個情況報告了阜陽當地的衛生和疾控部門。
阜陽市衛生和疾控部門立即組織當地的專家進行會商，就在會商的當天，3月29日，又有兩個患有相同癥狀的患兒死亡。短短3天時間，連續有5名癥狀相同的患兒死亡，阜陽市衛生和疾控部門將這一緊急情況上報給了安徽省衛生廳。分析的結果排除了SARS、禽流感等嚴重的傳染病，但是對當前這種疾病的病因分析沒有結果。
4月15日，安徽省衛生廳將這一情況報告了衛生部，衛生部立即指揮中國疾病預防控制中心加入到了這場尋找致命疾病原因的戰斗當中。
衛生部和中國疾控中心，一方面組織了專家組火速趕往阜陽市，另一方面對這種疾病的病理原因進行實驗室檢測。
中國疾病預防控制中心副主任 楊維中："同時我們也在對早期送到北京的標本進行檢測，當時標本數量非常有限，我們在4月19號的時候，我們的實驗室工作人員，對已有的標本已經就發現了一些線索，一些比較重要的線索，但是這個線索只有一份標本，有一點蛛絲馬跡，不能夠拿來作為判斷這個事件的(依據)，不足以拿來判斷這個事件。"
而與此同時，阜陽當地的情況越來越嚴峻，患者數量不斷增加，死亡的病例也在不斷增長。當地衛生部門加大了病人標本的采集力度，并以最快的速度將這些標本送到北京，由中國疾控中心病毒病預防控制所的實驗人員加緊查找病因。
到4月23日，經過中疾控研究人員連續幾天的日夜奮戰，導致阜陽兒童傳染病的原因最終被確認。
中國疾病預防控制中心副主任 楊維中："在5個死亡病例的標本中間，檢測到了EV71的核酸，經過測序證實了是EV71病毒，也就是腸道病毒71型。另外也從21個僅僅表現在只是手、口、足這些部位出現皮疹的這些輕型病人這里，同樣又檢測到了EV71病毒的核酸，那么經過測序也證實是EV71病毒。"
同時，阜陽當地臨床專家和流行病學專家的調查結果也支持了實驗室的這一檢測結果，衛生部專家組最終確定，導致這種傳染病的病因就是EV71病毒。
對癥·預防
這種名叫EV71的病毒究竟是一種什么樣的病毒，為什么會導致如此嚴重的兒童傳染病呢？
EV71病毒是一種腸道病毒，是一個小RNA病毒，這種病毒會引起手足口病，皰疹性咽峽炎，嚴重患者可引起神經性系統損傷，比如說包括腦干，特別是延髓的部位，再就是皮層的部位個別的患者也受累，再就是引起一個脊髓的損傷，再就是病情繼續發展的話會引起神經源性的肺水腫。
而這次阜陽兒童傳染病中很大一部分死亡的病例，就是因為EV71病毒引發了肺水腫最終導致死亡。
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