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臨時政府與民國法統
孫中山聽到趙鳳昌這個建議后，當天（12月26日）在寓所主持同盟會最高干部會議，黃興、宋教仁、陳其美、胡漢民、汪精衛等參加，會議決定由孫中山出任臨時大總統。但對于政府體制究竟是實行總統制，還是內閣制，孫中山與宋教仁有分歧。第二天，黃興、宋教仁前往南京，向各省都督代表會建言選舉臨時大總統，并將政府體制確定為總統制。29日，各省都督代表會選舉臨時大總統，十七張有效票中，孫中山以十六票當選。
南京臨時政府的成立和孫中山當選，使南北和談立馬陷入困境，因為在南北雙方先前的約定中并沒有這一項。孫中山在當選當天致電袁世凱進行解釋，表示臨時政府的成立并不意味著先前共識受到破壞，南方依然遵守先前承諾，虛位以待之心終可大白于天下。
孫中山確實信守了政治承諾，南京臨時政府的成立也確實像許多人所預料的那樣，加速了清廷的崩潰。至1912年2月初，經段祺瑞等北洋將領發難，清帝退位，終結體制，走向共和，已經沒有一點兒懸念。又經過一番討價還價，清帝于2月12日宣布退位。第二天（13日），孫中山向參議院辭職，并如約舉薦袁世凱為第二任臨時大總統。袁世凱也在當天致電南京臨時政府，宣布贊成共和。至此，僵持三個多月一百多天的辛亥革命大致結束，中國重回一個新的政治秩序中。
在民國元年，袁世凱對孫中山對革命黨人是很尊重的，孫中山等革命黨人對袁世凱的表現也是比較滿意的。但是到了宋教仁案發生，孫中山和革命黨人中的一部分突然懷疑自己在南北和談的時候是不是有點太幼稚了，為什么不能堅持自己的主張抗爭到底，為什么要將大總統的職位轉讓呢？
孫中山和革命黨人一系列的困惑淵源有自，我們過去不太理解為什么一百年來總是說辛亥革命失敗了，其實現在想想，辛亥革命的失敗不是讓權，不是妥協，而是在民元之后重建的新國家新制度，基本上沒有按照南京臨時政府的規范往下走，根本沒有孫中山先前的設想和意思，南京臨時政府在民國法統中沒有任何地位，孫中山的三民主義、三個階段等理論根本就沒有轉化為政治實踐的可能性。中華民國的中央架構完全沿著晚清立憲的路子繼續走，先前準議會機構資政院變成了正式的國會，各省咨議局變成了省議會，民國前半程的政治架構就是沒有君主的民主立憲，就是精英政治，這些政治理念與政治設施和孫中山原先設想不是相距太遠，而根本就不是一碼事。由此，我們不難理解孫中山為什么在民國前半程依然不懈奮斗，他的目標就是實現三民主義政治理想，就是要從軍政到訓政，然后再到憲政。