陳云林還宣布，在履行完相關手續后，大陸兩只熊貓即將來臺，落戶臺北市木柵動物園。而有“植物活化石”之稱的珙桐樹苗亦將落戶臺灣。他同時代表大陸同胞接受臺灣同胞贈予的長鬃山羊和梅花鹿。
6日上午，臺灣當局領導人馬英九在臺北賓館會見了海協會會長陳云林及協商代表團主要成員、海基會董事長江丙坤等海基會人員。馬英九在致辭中說，兩岸關系又向前跨進了一大步。相信這樣的發展不僅符合兩岸人民的期望，也對兩岸的穩定和繁榮作出貢獻，希望未來兩岸還有更多高層的互訪。
賓主雙方在親切友好的氣氛中，互贈了禮品。馬英九贈給陳云林的禮品是臺灣少數民族達悟人獨木舟造型的著名鶯歌陶作，象征“兩岸三通、春暖花開、前景光明”。陳云林回贈給馬英九的是著名畫家韓美林的畫作《駿馬圖》。
此行，陳云林拜會了臺灣海基會前董事長辜振甫遺孀辜嚴倬云女士，表達秉承汪辜二老精神、繼續他們未竟事業的決心。并前往臺塑集團創辦人王永慶靈堂吊唁，希望簽署的有關協議能實現王永慶對“三通”的期待，告慰其在天之靈。陳云林還先后參加了中國國民黨榮譽主席連戰、親民黨主席宋楚瑜和國民黨主席吳伯雄的宴請敘舊，并拜會了慈濟證嚴法師。
在最后一晚舉行的海協會答謝晚宴上，陳云林提到，短短幾天，認識了很多新朋友，觀看了電影《海角七號》，還品嘗了臺灣少數民族所釀制的“馬拉桑”酒等。臺灣廣大同胞勤勞、熱情、真情，以及如兄弟姐妹般說不清卻感到十分親切的那種感情，給他及海協會同仁留下了深刻印象。
“我們了解百年滄桑中臺灣同胞的遭遇，知道有些同胞對兩岸關系有不同的看法，畢竟兩岸近六十年舞臺上，我們的這個民族上演了多少悲歡離合、愛恨情仇、剪不斷理還亂的事。”陳云林說，“這就需要我們更有誠意、耐心地去溝通、化解。只要我們秉承善意、運用智慧，深入解決攸關人民利益的經濟議題和民生問題，累積成果，增進互信，完全可以通過共同努力，創造條件，解決歷史遺留的復雜問題，本著以協商化解分歧，以合作取代對抗的精神，一定會感召越來越多的同胞，兩岸關系和平發展的道路一定會越走越寬。”
江丙坤致辭時以“機緣、機遇、歉疚、感謝、期許”十字，表達了他對此次兩會協商的感受。他表示，兩會臺北會談即將完美落幕，希望今后立即展開作業，就此次達成的議題進行認真推動。
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