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為了確保普查成功，國家統計局提前3年就啟動了人口普查準備工作。從2007年8月在江西進行外出人口試點調查開始，到2010年11月進行入戶登記，3年多艱苦細致的備戰，逐步拿出了對策。
破解流動人口普查登記難題是關鍵?？茖W設計普查方案至關重要，流動人口普查質量的好壞關系到整個人口普查數據質量的高低。
第三次全國人口普查的重登率為千分之零點一五，第四次人口普查的漏登率為千分之零點六，但第五次人口普查時漏登率竟達到了百分之一點八一。問題出在哪呢？原來是僅僅按常住人口原則進行普查登記容易出現疏漏。
第六次全國人口普查專家組組長盧春恒解釋說，第五次全國人口普查時規定，除了“居住在本鄉鎮街道(含外出時間不足半年者)，且戶口在本鄉鎮街道”的人是本地的常住人口外，那些“在本鄉鎮街道居住半年以上，或居住在本鄉鎮街道雖不到半年但離開戶口登記地已經半年以上的人”也要作為本地的常住人口進行登記。這一規定本身是清楚的，但普查登記時容易出問題。例如，一個人離開原住地超過半年，但相繼流動了幾個地方，在每個地方待的時間都不到半年。按規定，這個人在流出地不用登記，而應在普查時他所在的流入地進行登記。可如果流入地普查員在登記時詢問不仔細，只是簡單地詢問到本地居住了多長時間，沒有進一步追問離開戶口登記地多長時間，就容易誤將其視為離開戶口登記地不足半年，應在戶口登記地進行登記的人。從而出現在流入和流出地都沒登記的疏漏。
為了避免這種情況，做到不漏不重，第六次全國人口普查采取“兩頭堵”的辦法。也就是說，普查員逢人就查，見人就登。不僅在居住地登記，在戶籍地也登記。兩邊登記之后，由計算機匯總軟件根據事先設定的條件來剔除重復。
提高數據質量，既要靠方法創新，也要靠技術保障。這次普查首次借助了遙感影像來確定普查區邊界，將全國960萬平方公里土地、4億多戶人家，按照每個普查小區80戶左右的規模，劃分成550多萬個普查小區，每個普查小區無縫銜接。
為搞好這次普查，有關部門給予大力配合，出臺了相關政策保障。從2010年5月開始，公安機關就在全國范圍內開展了戶口整頓工作，翔實的戶籍資料成為入戶調查的依據。為解決超生人口漏報問題，統計、公安、計生等部門還聯合出臺政策，除規定普查結果不作為對超生戶的處罰依據外，還制定了“超生孩子可以根據政策規定落戶”的寬松政策。
在各方共同努力下，第六次全國人口普查各項準備工作就緒，只等普查標準時點的到來。